Kokojyvämuffinsseihin kuuluu erilaisia täysjyvätuotteita, kuten vehnää tai kauraa, ja ne sisältävät lisäaineita, kuten hedelmiä, soseutettua kurpitsaa, suklaata tai rusinoita. Kokojyvätuotteista valmistetut aamiaismuffinit sisältävät yleensä kaurahiutaleita ja jonkin aikaa hedelmäsoseita, kuten banaaneja tai mansikoita. Erilaisia täysjyvätuotteita ovat ruis, ohra ja durra sekä tattari, kvinoa ja muut gluteenittomat täysjyvälajikkeet. Koska täysjyvämuffineja pidetään yleensä terveellisempinä vaihtoehtoina valkoisille jauhoille, monet ravinteista ja lääkäreistä mainostavat kuitupitoisuutensa vuoksi täysjyvätuotteista valmistettuja muffinsseja.
Kokojyvätuotteista valmistetuissa muffineissa käytetään usein täysjyväjauhoa pääainesosana lisäämällä erilaisia ainesosia, kuten kuivattuja tai tuoreita hedelmiä ja mausteita. Kurpitsan täysjyvämuffinit valmistetaan yleensä vehnäjauhoista sekä soseutetusta kurpitsasta, kanelista ja inkivääristä, ja ne valmistetaan usein syksyisin. Kurpitsamuffinien gluteenittomissa versioissa voidaan silti käyttää täysjyvätuotteita, jotka korvaavat vehnäjauhon gluteenittomalla täysjyväjauholla tai jauholla. Kvinoajauho ja durrajauho ovat kaksi esimerkkiä täysjyväjauhoista, joita voidaan helposti käyttää missä tahansa gluteenittomassa täysjyvämuffinssissa.
Omenan täysjyvämuffinssit ovat myös suosittuja, ja ne sisältävät yleensä tuoreita omenaviipaleita, kanelia ja muskottipähkinää sekä ruskean sokerimurskan. Tämä muffinssi voidaan tarjoilla kahvin tai teen aikana, ja se on myös suosittu leivonnainen, jota käytetään aamiaisen aikana tai aterioiden välillä välipalaksi. Banaanipähkinämuffinit valmistetaan yleensä täysjyvätuotteista, kuten kaurahiutaleista ja täysjyväjauhoista, ja ne ovat hyvin yleisiä aamiaismuffineina makealla ja täyttävällä tekstuurillaan. Useimmiten suurin osa täysjyvämuffineista ei sisällä kuorrutetta kuten kuppikakkuja ja ovat tiheämpiä, mikä tekee niistä täydelliset aterian korvikkeena.
Täysjyvistä valmistetut mustikkamuffinit käyttävät yleensä kaikkia täysjyväjauhoja tai täysjyvägluteenittomia jauhoja sekä tummanruskeaa sokeria ja tuoreita tai jäädytettyjä mustikoita. Tämän tyyppiset muffinit ovat suosittuja välipaloja ja niitä valmistetaan yleensä lämpiminä kesäkuukausina. Koska täysjyvät sisältävät huomattavan määrän kuitua ja muita ravintoaineita, useimmat ravitsemusterapeutit suosittelevat täysjyvämuffineja valkoisten jauhojensa sijaan. Vaikka täysjyvätuotteista valmistettuja muffineja pidetään terveellisempinä, ne voivat silti sisältää suuren määrän sokeria, minkä vuoksi on tärkeää tarkkailla sokeripitoisuutta ja kuluttaa kohtuudella.