Matkatoimistopalkkiot sisältävät sekä kuluttajien että matkatoimistojen itse maksamia maksuja. Monet matkatoimistot veloittavat asiakkailta maksuja sellaisten matkatuotteiden varauskustannusten kompensoimiseksi, jotka eivät maksa palkkiota, sekä matkustustutkimuksen suorittamiseen tai kommunikointiin myyjien kanssa erikoismajoituksen järjestämiseen kuluvasta ajasta ja kuluista. Kuluttajamaksujen lisäksi matkatoimistot voivat itse maksaa palkkioita, jotka on jaettu isäntävirastojen kanssa, isäntätoimiston jäsenmaksut tai franchising -maksut. Toimistot voivat myös maksaa jäsen- ja luottokorttimaksuja ammattimaisille matkajärjestöille.
Useimmissa tapauksissa matkatoimisto ansaitsee suurimman osan tuloistaan matkapalvelujen myyjien, kuten hotellien ja risteilyyritysten, maksamilla palkkioilla. Jotkut matkamyyjät eivät kuitenkaan maksa matkatoimistolle provisioita, jos hän varaa matkan asiakkaansa puolesta. Koska tämä merkitsee mahdollista menetystä välittäjälle, monet veloittavat matkatoimistopalkkioita kuluttajilta jokaisesta varaamattomasta varauksesta, jonka matkatoimiston on tehtävä. Esimerkiksi useimmat kaupalliset lentoyhtiöt eivät enää maksa matkatoimistopalkkioita, joten monet matkatoimistot veloittavat nyt pienen kohteliaisuusmaksun jokaisesta varatusta lentolipusta.
Monien kuluttajien odotetaan maksavan matkatoimistopalkkioita, kun ne varaavat erittäin monimutkaisia matkajärjestelyjä, varsinkin jos järjestelyt vaativat matkatoimiston merkittävää tutkimusta. Jotkut matkustajat haluavat vierailla eksoottisissa kohteissa tai suunnitella pitkiä matkoja useisiin eri paikkoihin. Tämäntyyppinen matka voi vaatia ammattimaisen matkatoimiston ponnisteluja viisumivaatimusten määrittämiseksi, laadukkaan majoituksen varaamiseksi ja paikallisten kuljetusten järjestämiseksi. Koska tämä voi vaatia useita tunteja työtä, jotkut matkatoimistot vaativat kuluttajia maksamaan matkatoimistopalkkion matkan kattamiseksi. Lisäksi asiakkaiden voidaan odottaa kattavan kaikki matkatoimistolle tutkimus- ja varausprosessin aikana aiheutuneet kulut.
Matkatoimistot ja matkatoimistot voivat myös joutua maksamaan erityyppisiä maksuja. Riippumattomat matkatoimistot tekevät usein yhteistyötä isäntätoimiston kanssa, joka tarjoaa teknistä tukea, pääsyn matkatoimistoihin ja vastuuvakuutuksen yksittäisille matkatoimistoille. Agentit voivat maksaa vastaanottavalle toimistolleen erilaisia maksuja kattaakseen saamiensa palveluiden kustannukset. Nämä edustajat voivat myös joutua jakamaan provisiot isäntäviraston kanssa. Virastot voivat itse osallistua erilaisiin ammatillisiin sertifiointiohjelmiin tai hyötyä alan järjestöjen tarjoamista luottokorttien käsittelypalveluista. Molemmissa tapauksissa virasto maksaa yhden tai useamman tyyppisiä maksuja näitä palveluja tarjoavalle organisaatiolle.