Yleisimmät MRI -sivuvaikutukset ovat niitä, jotka liittyvät makaamiseen pienessä tilassa pitkään aikaan, ja niihin voi kuulua huimausta, selkäkipuja ja väsymystä. Vakavampia sivuvaikutuksia voi esiintyä reaktiona mihin tahansa magneettikuvaukseen käytettävään varjoaineeseen. Hyvin harvinaisissa olosuhteissa, jos kehossa on metallia, magneettikuvauslaite voi pakottaa esineen liikkumaan kehossa ja aiheuttaa vakavia vaurioita. Tämä on hyvin harvinainen sivuvaikutus, koska tällaisia onnettomuuksia vastaan on noudatettu tiukkoja varotoimia.
Yleensä ihmiset kokevat magneettikuvauksen sivuvaikutuksia, jotka näyttävät johtuvan magneettiresonanssikuvauksen vaikutuksista, mutta jotka itse asiassa johtuvat makaamisesta pitkään paikallaan. Joidenkin potilaiden raportoimat huimaukset ja selkäkivut johtuvat lähes varmasti siitä, että makaamme paikallaan kovalla pinnalla tunnin tai enemmän. Väsymys magneettikuvauksen jälkeen johtuu usein kuvien ottamiseen liittyvästä stressistä, joka voi olla väsyttävämpää kuin toimenpiteen aikana ilmenee. MRI -sivuvaikutukset, kuten päänsärky, liittyvät usein MRI: n aikana kuuluviin koviin ääniin ja ovat yleisempiä ihmisille, joilla on myös migreeniä.
Jotkut kokevat lieviä magneettikuvauksen sivuvaikutuksia, jotka yleensä muistuttavat allergista reaktiota, kun käytetään varjoainetta. Erittäin vakavia magneettikuvauksen sivuvaikutuksia voi esiintyä, kun potilaalla on vaikea munuaisten vajaatoiminta ja hän on altistettu gadoliniumia sisältävälle varjoaineelle. Tämä sivuvaikutus on sairaus, jota kutsutaan nefrogeeniseksi systeemiseksi fibroosiksi, joka on parantumaton ja joskus kuolemaan johtava. On melko epätodennäköistä, että joku kokee tämän sivuvaikutuksen, koska munuaisten vajaatoiminta todetaan yleensä ennen gadoliniumia sisältävää magneettikuvausta.
Hyvin harvoin rauta kehossa aiheuttaa tuskallisia MRI -sivuvaikutuksia. Ferromagneettiset esineet voivat liikkua voimakkaasti mistä tahansa asennosta lähellä magneettikuvauslaitetta. Jos ne ovat kehon sisällä, ne voivat aiheuttaa suurta vahinkoa sisäelimille. Henkilö, jonka hampaissa on metallitäytteitä, saattaa tuntea lievää pistelyä, mutta pienet hammaskiinnikkeet eivät yleensä ole ongelmallisia toimenpiteelle.
MRI: n yleisin sivuvaikutus näyttää olevan kohonnut herkkyys mahdollisille terveysongelmille. MRI -kone on stressaava ja usein tuntematon tekniikka, ja monet ihmiset ovat erittäin huolissaan tunneista, joita ei normaalisti pidettäisi huolestuttavina. Koettu pistely tai huimaus, joka yleensä jää huomaamatta tai mikä tahansa kiputunne, aiheuttaa suurta huolta. Havaittu mahdollisuus, että on esiintynyt suuria sivuvaikutuksia, aiheuttaa myös paniikkioireita. Nämä sivuvaikutukset voidaan välttää puhumalla luotettavan lääkärin kanssa ja tunnustamalla, että magneettikuvaus on erittäin turvallinen toimenpide.