Nilkan sisäkipu voi laukaista erilaisilla vammoilla ja olosuhteilla. Yleensä tällainen kipu voi liittyä nyrjähtänyttä tai repeytynyttä deltalihassidosta, vaikka se voi johtua myös sääriluun etuosan lihaksen tulehtuneesta jänteestä, hiusrajan murtumasta, nilkan niveltulehduksesta tai harvemmin tunnelin oireyhtymä. Nilkan sisäkipu voi vaihdella lievästä vaikeaan, ja tällaista kipua kokenut henkilö voi säilyttää lähes normaalin toimintansa tai ei pysty painottamaan niveltä ollenkaan. Juoksemisesta johtuvat liikavammat ovat yleisiä syitä nilkan sisäkipuun.
Sisäisen nilkan nivelsiteiden nyrjähdys on yksi sairaus, joka aiheuttaa nilkan sisäkipua. Tällaisen äkillisen trauman, kuten rullatun nilkan, seurauksena sisäiset nilkan nyrjähdykset ovat paljon harvinaisempia kuin ulommat nilkan nyrjähdykset, jotka muodostavat 85 prosenttia kaikista nilkan nyrjähdyksistä, mutta niitä esiintyy, kun jalkapohja pyörii ulospäin. Sisäisessä nilkan nyrjähdyksessä nivelsiteet, jotka yhdistävät sääriluun säärissä talven luuhun, venytetään normaalin alueensa ulkopuolelle, joskus repeytymiseen asti. Nämä nivelsiteet tunnetaan yhdessä deltoidisidoksena niiden kolmiomaisen muodon vuoksi, ja ne sisältävät etuosan tibiotalaarisen ligamentin, tibiocalcaneal ligamentin, takaosan tibiotalaarisen ligamentin ja tibionavicular ligamentin. Näiden nivelsiteiden vaurioitumisesta johtuva kipu vaihtelee lievästä vaikeaan, ja siihen liittyy tyypillisesti arkuus ja turvotus vammapaikassa.
Toinen nilkan kipuun johtava vamma on sääriluun etuosan lihaksen jänteen vaurioituminen. Tämä lihaksen jänne ylittää nilkan nivelen juuri sääriluun keskivartalon etupuolella, näkyvä luinen ulkonema luun alareunassa, joka näkyy pitkin nilkan sisäosaa, ja kiinnittyy useisiin jalka- ja selkäpohjan luuihin. Tämän jänteen vaurioitumistyyppeihin kuuluu kanta, jossa jänne on venytetty normaalin alueensa ulkopuolelle; repeämä, jossa jänne on osittain tai kokonaan revitty irti luusta; ja jännetulehdus, jossa jänne tulehtuu ja ärtyy ajan myötä toistuvan toiminnan, kuten lenkkeilyn, seurauksena. Vamman vakavuudesta riippuen kipu voi olla lievää tai äärimmäistä, ja siihen voi liittyä myös arkuutta ja turvotusta.
Niveltulehdus on suhteellisen yleinen nilkan sisäkivun muoto, jolle on tunnusomaista krooninen ja toistuva niveltulehdus, vaikka toimintaa ei olisi. Sille on ominaista nivelrakenteiden rappeutuminen, kuten nivelrikon tapauksessa, tai nivelen vuoraavan nivelkalvon tulehdus, kuten nivelreuman tapauksessa, niveltulehdus on kivulias tila, johon liittyy nivelten jäykkyyttä, lämpöä ja turvotusta . Niveltulehdusta hoidetaan tyypillisesti yhdistelmällä tulehduskipulääkkeitä tai injektioita, jäätä ja liikuntaa.
Harvemmin esiintyviä syitä nilkan sisäkipuun ovat luunmurtumat ja tarsaalitunnelin oireyhtymä. Kun sääriluu ja talia, nilkan mediaalisen nivelen luut, ovat painoa kantavia luita, hiusrajan murtumia voi kehittyä ajan mittaan toistuvasta painon kantamisesta ja aiheuttaa vain vähäistä kipua. Äkillisen trauman aiheuttamiin murtumiin liittyisi voimakasta kipua, turvotusta ja kyvyttömyyttä liikkua tai painaa niveltä. Tarsaalitunnelin oireyhtymä voi joskus aiheuttaa myös nilkan sisäkipua. Tämä on tila, jossa sääriluun hermo, joka kulkee sääriluun keskivartalon takana, jää loukkuun ja tulehtuu, mikä yleensä aiheuttaa kipua ja pistelyä jalassa, vaikka voimakas hermoston vaurioituminen voidaan tuntea nilkkamedialta.