Soijan vaarat miehille johtuvat soijan ja soijapohjaisten tuotteiden korkeasta naishormonin estrogeenipitoisuudesta. Ensisijaisesti soija vaikuttaa uroksen siittiöiden laatuun ja pitoisuuteen, varsinkin jos niitä otetaan suuria määriä tai jos kohde on altistunut korkeille määrille kohdussa. Äskettäinen Harvardin yliopiston tutkimus osoitti, että miesten välillä, joilla on alhainen siittiöiden määrä ja korkea soijaruokien saanti, oli selvä korrelaatio. Tutkimus paljasti, että aikuisen miehen keskimääräinen siittiöpitoisuus 80-120 miljoonaa millimetriä kohden oli yli puolittunut, kun soija oli osa ruokavaliota. Tapaus on vakuuttavampi tutkittaessa lihavia miehiä, joiden siittiöiden määrä on vielä alhaisempi rasvakudoksen estrogeenia tuottavien ominaisuuksien vuoksi.
Tutkijat uskovat, että soijassa esiintyvät isoflavonit (daidzeiini, genisteiini ja glysiteiini) ovat syyllisiä huonoihin siittiöpitoisuuksiin. Nämä isoflavonit toimivat kuten estrogeeni, ja siksi ne estävät siittiöiden tuotantoa. Lisäksi professori Lynn Fraser King’s College Londonista on myös antanut varoituksia isolflavonin genisteiinistä, jonka uskotaan voivan vaikuttaa siittiöiden epäonnistumiseen munasolun lannoittamisessa. Nämä havainnot perustuivat kuitenkin koeputkipohjaisiin kokeisiin, ja soija-alan elimet ovat vastustaneet sitä, että soijapohjaisissa tuotteissa esiintyvä genisteiini reagoi eri tavalla tutkimuksen suorittamiseen käytetyn isoflavonien puhtaaseen muotoon.
Soijaa esiintyy eniten elintarvikkeissa, kuten soijapavut, tofu, tempeh, tofu tai soijamakkarat, pekoni, hampurilaiset, soijamaito, juusto, jogurtti, jäätelö ja pähkinät. Soijaa ja soijajohdannaisia löytyy kuitenkin noin 70 prosentista kaikista elintarvikkeista, ja siksi saannin vähentäminen voi olla vaikeaa. Esimerkiksi sianlihapiirakat, aamiaismurot, majoneesi ja margariinit, makkarat, lasagne, naudanlihahampurilaiset ja kananruoat ovat osa elintarvikkeista, jotka perustuvat soijaan halvan proteiinin lähteenä. Soijajohdannainen lesitiini on levinnyt myös leipomo- ja makeisteollisuudessa, koska se on tehokas emulgointiaineena.
On huomattava, että soija on hyvin aasialaisen ruokavalion tukipilari eikä näissä maissa ole havaittu merkittäviä sivuvaikutuksia. On kuitenkin hyvä pitää mielessä, että aasialainen soijaruokavalio perustuu suurelta osin fermentoituihin soijatuotteisiin, kuten miso -keittoon ja tofuun; käymisprosessin uskotaan tuhoavan kemikaalit, joita pidetään haitallisina yllä olevissa kokeissa.