Pieni varpaakipu voi johtua lievästä vammasta tai vakavammasta murtumasta. Joitakin yleisimpiä kivun syitä ovat murtunut varvas, tylppä varvas, sisäänkasvanut varpaankynsi, varpaat tai jalat. Korkeakorkoisten kenkien käyttäminen päivittäin on yleisin syy pieniin varpaiden kipuihin naisilla.
Niveltulehduksen tai huonosti istuvien kenkien käyttäminen voi aiheuttaa lieviä varpaakipuja. Bunionille on ominaista luun tai nivelkudoksen epämuodostuma, varsinkin kun nivelet ovat kokeneet pitkään stressiä. Bunionit ja niihin liittyvä kipu esiintyvät usein joko ison tai pienen varpaan nivelessä.
Maissit ovat kovettumia, jotka muodostuvat varpaisiin kitkan seurauksena, yleensä huonosti istuvien kenkien käyttämisestä. Pienet varpaakivut johtuvat yleensä varpaista, koska pienin varvas altistuu usein kitkalle käyttämällä kenkiä, jotka ovat joko liian tiukkoja tai liian löysiä ja aiheuttavat varpaan hankautumisen kengän sisäpuolelle. Varpaat pienessä varpaassa paranevat itsestään niiden aiheuttaman stressin jälkeen.
Pienet varpaakivut voivat johtua myös vammoista, kuten varpaiden tukkeutumisesta, tai se voi johtua murtumasta viidennen jalkapohjan luun juuressa, joka sijaitsee aivan varpaan takana. Tämä erityinen murtuma, joka tunnetaan myös nimellä Jones -murtuma, sekoitetaan yleisesti nilkan nyrjähdykseen. Jonesin murtuman aiheuttama pieni varpaakipu katoaa joskus jalkaa lepäämällä, mutta joskus kipsi tai leikkaus voi olla tarpeen, jotta jalka paranee kokonaan.
Kasvanut varpaankynnet tiedetään myös aiheuttavan vähän varpaiden kipua. Yleensä nämä ovat peräisin isovarpaasta, mutta voivat itse asiassa esiintyä millä tahansa varpaalla. Ne ovat seurausta kynsien reunan kasvamisesta varpaan ihoon. Tämä sisäänpäin kasvaminen aiheuttaa äärimmäistä ärsytystä, turvotusta ja kipua varpaissa.
Naiset ovat erityisen vaarassa sairastua pieniin varpaisiin. Tämä johtuu usein siitä, että käytät liian tiukkoja kenkiä, jotka kaventuvat merkittävästi varpaiden alueella tai jotka aiheuttavat stressiä jalalle pitämällä sitä tietyssä kulmassa, kuten on yleistä naisilla, jotka käyttävät korkokenkiä. Jalkahoitajat suosittelevat, että naiset käyttävät vain korkokenkiä tarvittaessa, mutta antavat jalkojen levätä pitämällä urheilujalkineita ja litteitä kenkiä muina aikoina.