Tyypillisesti metadonin vaikutukset vauvoille luokitellaan sen mukaan, onko lääkkeitä käytetty lyhyen aikaa vai onko niitä käytetty kroonisesti. Lyhyellä aikavälillä metadoni voi aiheuttaa vauvoille useita vakavia terveysongelmia, kuten alentaa verenpainetta ja sykettä. Pitkäaikainen metadonin väärinkäyttö sitä vastoin vaikuttaa useammin vauvan painoon ja kokoon. Monissa tapauksissa metadonia väärin käyttäneen äidin syntyneet vauvat kärsivät usein metadonin vieroituksesta syntymän jälkeen. Tutkimukset viittaavat kuitenkin siihen, että nämä oireet voidaan kääntää imettämällä.
Monissa tapauksissa metadonin käyttö edes kerran voi aiheuttaa erittäin vakavia vaikutuksia syntymättömään lapseen. Metadonin välittömät vaikutukset vauvoille voivat olla erittäin alhainen verenpaine; oleellisesti hidastunut syke; silmien, suun ja nenän kuivuus; kohonnut intrakraniaalinen paine; ja muita vastaavia oireita. Useimmissa tapauksissa nämä metadonin käytön sivuvaikutukset vauvoille voivat olla hengenvaarallisia ja vaativat välitöntä lääketieteellistä hoitoa. Lisäksi naiset, jotka käyttävät metadonia jopa lyhyen aikaa, voivat kokea keskenmenon tämän huumeiden käytön vuoksi.
Pitkällä aikavälillä metadonin käyttö vauvoilla voi johtaa sairauksiin, jotka ovat yhtä vakavia. Metadonin pitkäaikainen käyttö voi hidastaa vauvan kasvunopeutta sekä pituuden että painon suhteen. Lisäksi vauvoilla, jotka ovat syntyneet äideille, jotka ovat käyttäneet metadonia pitkään, pään ympärysmitta on usein normaalia pienempi. Onneksi nämä vaikutukset häviävät, kun vauva ikääntyy ja kypsyy lapsuuteen. Metadonia väärinkäyttäville naisille syntyneillä vauvoilla on kuitenkin yleensä huomattavasti alhaisempi henkinen kapasiteetti kuin huumeita käyttämättömien äitien vauvoilla, ja he voivat saada huonompia arvoja sekä käyttäytymis- että psykologisissa testeissä.
Vauvoille, jotka ovat altistuneet suurille määrille metadonia, kehittyy yleensä myös metadonin vieroitus, joka tunnetaan myös vastasyntyneiden opiaattien vieroitusoireyhtymänä. Tämä on tila, joka vaikuttaa useisiin kehon järjestelmiin, muun muassa hengityselimiin sekä keskus- ja autonomiseen hermostoon. Vauvoilla, jotka ovat syntyneet tämän sairauden kanssa, on suurempi riski saada äkillinen imeväiskuolema-oireyhtymä tai SIDS verrattuna muihin terveempiin vauvoihin. Tutkimukset ovat kuitenkin osoittaneet, että tämän tilan oireita voidaan lievittää äidin tai muun sijaissynnyttäjän imettämisellä. Monissa tapauksissa imetys voi kuitenkin olla vaikeaa tai jopa mahdotonta.