Immuunihäiriöitä on monia erilaisia, ja ne luokitellaan tyypillisesti kahteen alatyyppiin. Systeemiset immuunihäiriöt kuvaavat tilaa, jossa immuunihäiriö vaikuttaa useampaan kuin yhteen elimeen kehossa, kun taas paikalliset immuunihäiriöt vaikuttavat tyypillisesti vain yhteen elimeen. Joitakin yleisimpiä systeemisiä immuunihäiriöitä ovat nivelreuma ja lupus. Yleisiä paikallisia immuunihäiriöitä ovat diabetes mellitus, multippeliskleroosi ja Addisonin tauti. Immuunihäiriöt kuvaavat tyypillisesti sairauksia, joissa immuunijärjestelmä vahingossa kohdistaa ja tuhoaa kehon terveen kudoksen, vaikka joihinkin immuunijärjestelmän häiriöihin liittyy heikentynyt immuunijärjestelmä.
Nivelreuma on sairaus, joka yleensä aiheuttaa tulehdusta ja nivelten heikkenemistä. Se voi kehittyä missä tahansa kehon nivelissä, mutta vaikuttaa yleisimmin käsiin ja ranteisiin. Nivelreuman tarkka syy on tuntematon, mutta sen uskotaan johtuvan bakteeri -infektioista nivelissä tai niveliä ympäröivässä kudoksessa. Se voi vaikuttaa minkä tahansa ikäryhmän ihmisiin, vaikka se on yleisempää yli 30 -vuotiailla ja näyttää olevan yleisempi naisilla kuin miehillä. Nivelreuma on ei-tarttuva systeeminen immuunihäiriö, ja kun immuunijärjestelmä alkaa hyökätä nivelkudosta vastaan, se tyypillisesti leviää ja voi myös hyökätä terveeseen kudokseen keuhkoissa ja muissa elimissä.
Lupus on toinen systeeminen immuunihäiriö, ja kuten nivelreuma, se on myös yleisempi naisilla kuin miehillä. Sen ei uskota olevan tarttuvaa, eikä taudin tarkkaa syytä ole määritetty. Jotkut tutkimukset näyttävät osoittavan, että lupus voi johtua ainakin osittain genetiikasta, koska ihmisillä, joilla on sairaudesta kärsiviä sukulaisia, on suurempi riski saada lupus itse. Jotkut tutkijat uskovat, että lupuksen puhkeaminen voi aiheuttaa ympäristön laukaisimen. Tupakointi ja altistuminen ultraviolettivalolle ovat mahdollisesti yhteydessä sairauteen.
Multippeliskleroosi (MS) on immuunijärjestelmän häiriö, joka vaikuttaa ensisijaisesti hermostoon. Sitä pidetään paikallisena häiriönä, mutta koska se hyökkää hermostoon, oireet voivat esiintyä monissa kehon osissa. MS on sairaus, joka saa immuunijärjestelmän hyökkäämään hermoja suojaavan pinnoitteen kimppuun. Taudin vakavuus vaihtelee suuresti yksilöstä toiseen, mutta erittäin äärimmäisissä tapauksissa kärsivät eivät ehkä pysty kävelemään tai puhumaan. Tällä hetkellä MS -tautiin ei ole parannuskeinoa.
Hankittu immuunipuutoshäiriö (AIDS) on täysin erilainen immuunihäiriö. Aidsille ei ole ominaista, että immuunijärjestelmä hyökkää terveitä kudoksia vastaan, vaan se on tila, jossa immuunijärjestelmä on niin heikentynyt, että se ei toimi riittävän hyvin sairauksien torjumiseksi. Toisin kuin useimmat muut immuunijärjestelmän häiriöt, AIDSia pidetään tarttuvana vaihdettaessa kehon nesteitä, kuten limaa tai verta.