Bakteerien tunnistaminen on prosessi, jota käytetään tiettyjen bakteerien tunnistamiseen. Se on tärkeä osa lääketieteellistä hoitoa, koska monet hoidot ovat suuresti riippuvaisia lääketieteellisen ongelman aiheuttavan organismin identiteetistä, ja se on myös tärkeä osa tieteellistä tutkimusta. Bakteerien tunnistamisessa käytetään useita tekniikoita, ja uusia tekniikoita kehitetään jatkuvasti, kun ihmiset oppivat lisää bakteereista ja kehitetään uusia lääketieteellisiä laitteita.
Bakteerien tunnistamisen ensimmäinen vaihe sisältää isolaatin luomisen, joka on näyte kyseisistä bakteereista. Eristeet alkavat pienellä pyyhkeellä epäillyistä bakteereista, jotka on otettu potilaalta tai esineeltä. Eristys luodaan etsimällä kasvualusta, joka tukee bakteereja, ja viljelemällä onnistuneesti riittävästi bakteereja tutkimusta varten. Tämä voi olla todellinen haaste, koska bakteerit ovat erittäin nirsoja eivätkä ne kasva missään väliaineessa. On myös tärkeää välttää kasvualustan tai näytteen saastumista, koska tämä voi johtaa sekaviin tuloksiin.
Kun bakteeri on viljelty, voidaan käyttää monenlaisia työkaluja vihjeiden antamiseksi sen identiteetistä. Yksi perustavimmista on gram-tahra, joka jakaa bakteerit gram-positiivisiksi ja gram-negatiivisiksi bakteereiksi käyttämällä kemiallista tahraa. Muita tahroja voidaan käyttää kontrastin lisäämiseksi, jolloin bakteerit on helpompi nähdä mikroskoopilla. Visuaalinen tunnistaminen mikroskoopilla voidaan yleensä suorittaa tuttujen bakteerilajien kanssa, erityisesti niiden, joilla on erottuva muoto.
Bakteerien tunnistamisen arsenaalissa on enemmän työkaluja. Tutkija voi käyttää serologisia menetelmiä, joihin kuuluu tuntemattomien bakteerien näytteen altistaminen eri vasta -aineille nähdäkseen, onko reaktio, tai geenisekvensointi, jossa bakteerin geneettinen koodi on paljastettu. Geenisekvensointia voidaan käyttää myös erottamaan kaksi läheisesti sukua olevaa bakteerikantaa toisistaan, jolloin saadaan tietoa siitä, miksi yksi kanta reagoi tiettyyn lääkekurssiin, kun taas toinen ei. Vastauksia erilaisiin kemikaaleihin ja ärsykkeisiin, kuten ultraviolettisäteilyyn, voidaan myös tutkia.
Bakteerien tunnistaminen suoritetaan klassisesti laboratoriossa, koska laboratorioissa on lääketieteellisiä laitteita, kemikaaleja ja työkaluja, joita voidaan käyttää bakteerin tunnistamisen yhteydessä. Jotkut laboratoriot ovat erikoistuneet sairaaloiden ja lääkäriasemien näytteiden viljelyyn ja tunnistamiseen, kun taas toiset keskittyvät tutkimukseen ja tunnistavat näytteitä uusista ja tuntemattomista bakteereista, jotta ne voidaan luokitella. Laboratorioympäristöä valvotaan tiukasti, jotta estetään laboratoriotyöntekijöiden saastuminen ja tahaton tartunta.Erityisesti virulentteja organismeja tutkitaan korkean turvallisuuden laboratorioissa, jotka sisältävät useita suojakerroksia tutkijoille.