Hammasproteesien puhdistus on erittäin tärkeää, vaikka sen ei tarvitse olla vaikeaa. Rikkoutumisen estäminen on myös tärkeää, joten hammasproteesit tulee aina puhdistaa vedellä täytetyn pesualtaan päällä. Hammasproteesit on huuhdeltava perusteellisesti ennen harjaamista, jotta kaikki irtonaiset ruokahiukkaset on poistettu. Seuraava vaihe hammasproteesien puhdistamisessa on käyttää pehmeää hammasharjaa ja hellävaraista hammastahnaa niiden harjaamiseen. Unen aikana tai vähintään yksi tunti päivässä hammasproteesit tulee liottaa joko kotitekoiseen tai kaupallisesti valmistettuun liuokseen bakteerijäämien tuhoamiseksi.
Ensimmäinen askel hammasproteesien puhdistamisessa on varmistaa, että hampaat ovat turvassa rikkoutumiselta. Hammasproteesit on huuhdeltava ja puhdistettava pesualtaan päällä, joka sisältää vähintään muutaman tuuman vettä. Tämä auttaa suojaamaan heitä rikkoutumiselta, jos ne putoavat puhdistuksen aikana. Kuuma vesi voi aiheuttaa hammasproteesien muodonmuutoksen tai vääntymisen, joten kuumaa vettä ei saa koskaan käyttää niiden huuhteluun tai puhdistamiseen.
Kun on aika harjata hammasproteesit, on käytettävä asianmukaisia tarvikkeita. Pehmeäharjaiset hammasharjat, jotka on erityisesti suunniteltu käytettäväksi hammasproteeseissa, ovat turvallisimpia hammasharjatyyppejä. Tavallinen hammastahna on liian hankaavaa käytettäväksi hammasproteeseissa, joten tulee käyttää erityisesti hammasproteeseille kehitettyä hammastahnaa. Hammasproteesit on huuhdeltava huolellisesti harjauksen jälkeen, jotta kaikki tahna on poistettu.
Jotta varmistetaan, että kaikki hammasproteesien bakteerit tuhoutuvat, osa puhdistusprosessista edellyttää niiden liottamista liuokseen, joka poistaa haitalliset bakteerit. Kaupalliset tuotteet toimivat todella hyvin, mutta on olemassa kotitekoisia puhdistusratkaisuja, jotka voivat olla halvempia, mutta toimivat yhtä hyvin. Kaikki kysymykset turvallisista ratkaisutyypeistä tulee keskustella hammaslääkärin kanssa.
Yksi suosituimmista ratkaisuista hammasproteesien puhdistuksessa on etikan ja veden yhdistelmä. Vain muutama tippa etikkaa voidaan lisätä veteen ennen kuin asetat puhdistetut hammasproteesit liuokseen vähintään tunniksi. Etikan sijasta voidaan käyttää ruokasoodaa tai proteesit voidaan liottaa vetyperoksidiin. Hammasproteesien liottamisen tavalliseen veteen kahdeksan tuntia tai pidempään uskotaan poistavan myös jäännöshiukkaset ja bakteerit. Jotta hammasproteesit eivät kuivu, ne on upotettava veteen tai muuhun nestemäiseen liuokseen aina, kun ne poistetaan suusta pitkäksi ajaksi.