Sisällä oleva katetri on putki, joka työnnetään virtsarakkoon ja jätetään paikalleen tyhjennysvirtsaan. Tämän tyyppisen katetrin käyttämiseen on useita syitä, jotka vaihtelevat halusta mitata virtsaneritystä leikkauksen jälkeen inkontinenssin hallintasuunnitelmaan. Keskeinen ero sisäisen katetrin ja muun tyyppisten virtsakatetrien välillä on se, että katetri on tarkoitettu jätettäväksi paikalleen sen sijaan, että sitä käytettäisiin kerran virtsan tyhjentämiseen ja sitten poistamiseen.
Yksi yleisimmistä sisäkatetreista on Foley -katetri, katetri, jonka toisessa päässä on ilmapallo. Kun katetri on asetettu, ilma täytetään steriilillä keittosuolaliuoksella, jotta laite ei liukua ulos rakosta. Jotkut lääkärit voivat halutessaan käyttää toista tyyppiä, jota kutsutaan suprapubiseksi katetriksi, joka työnnetään suoraan vatsan seinämän läpi.
Yleensä tämäntyyppinen katetri voidaan jättää paikalleen kuukaudeksi. Katetrin ympärillä oleva alue on pestävä miedolla saippualla päivittäin, ja katetri on myös huuhdeltava steriilillä liuoksella infektioriskin vähentämiseksi. Potilaat käyttävät katetripussia kerätäkseen katetrin tyhjentämää virtsaa, ja heitä yleensä kehotetaan juomaan paljon vettä. Pussia pidetään aina katetrin tason alapuolella, jotta virtsa ei pääse valumaan takaisin virtsarakkoon.
Sisäisiä katetreja käytetään ihmisten kanssa, joilla ei ole virtsarakon hallintaan tarvittavaa lihaskontrollia, kuten vakavien selkäydinvammojen kanssa. Niitä käytetään myös virtsanerityksen seuraamiseen, tyypillisesti leikkauksen jälkeen, ja säännöllisten virtsanäytteiden keräämiseen sairaalahoidossa olevista potilaista tai tajuttomien potilaiden virtsarakon tyhjentämiseen. Ihmiset, joilla on vakava inkontinenssi, voivat myös valita katetrin käytön mukavuuden lisäämiseksi ja vähentämään usein esiintyvän inkontinenssin aiheuttamaa hankausta ja ärsytystä.
Sisäisen katetrin käyttämiseen liittyy joitain riskejä ja haittaa. Ei ole harvinaista, että ihmiset kehittävät virtsatietulehduksia, vaikka tätä riskiä voidaan pienentää huolellisella hoidolla. Miehet ovat alttiita kehittymään fistuleille, jos katetria ei käytetä kunnolla, ja jotkut ihmiset huomaavat, että katetrin hallinta on haastavaa tai turhauttavaa. Esimerkiksi jalkasäkin kanssa käytettäessä katetri tarjoaa lisää liikkumisvapautta, mutta käyttäjän on silti oltava varovainen laitteen kanssa, ja pistoskohdan rutiininomainen hoito on välttämätöntä infektion estämiseksi. Jotkut potilaat huomaavat myös, että pitkäaikaiseen kulumiseen liittyy joskus erottuva haju, jopa kaikkein tarkkaavaisin ja huolellisin hoito, ja jotkut potilaat pitävät tätä kiusallisena.