Hypnopompiset hallusinaatiot, joissa yksilö havaitsee visuaalisia tai kuuloisia illuusioita herätessään, johtuvat yleensä etulohkon toiminnasta. Ilmiö, johon usein viitataan ”unihäiriön” ilmentymänä, ilmenee, kun aivot eivät pysty nopeasti säätämään yksilön unen tilaa herääväksi. Tämän seurauksena unien kuvat ja äänet voivat siirtyä ihmisen tietoiseen havaintoon. Unettomuus on tunnistettu ensisijaiseksi syyksi tämän tyyppisiin hallusinaatioihin liittyvään heikentyneeseen henkiseen toimintaan, vaikka muita mahdollisia syitä ovat huumeiden väärinkäyttö, masennus ja fysiologiset häiriöt.
Unettomuudesta kärsivät henkilöt kokevat todennäköisimmin hypnoottiset hallusinaatiot. Unen puute voi hidastaa vakavasti henkistä toimintaa, mikä johtaa etulohkon kyvyttömyyteen erottaa elävät unet nopeasti todellisuudesta. Lisäksi unettomuus kärsii usein mikrounista, erittäin lyhyistä tahattomista unista. Nopea unenopeus voi välittömästi upottaa yksilön nopeaan silmänliikkeeseen (REM) – uneen, joka liittyy eniten uneen. Mikrouninen yksilö herää yleensä useita sekunteja tilan saavuttamisesta ja kiihtyy unen ja tajunnan vaiheiden läpi liian nopeasti aivojen prosessoimiseksi.
Tiettyjen lääkkeiden käyttö voi myös hidastaa aivotoimintaa. Tämä näkyy parhaiten rauhoittavien lääkkeiden, kuten diatsepaamin, kanssa. Raskaan rauhoittavan lääkityksen alaiset raportoivat yleensä hitaasta henkisestä toiminnasta, mikä puolestaan voi johtaa aistiharhoihin unesta herätessä. Hallusinogeeniset lääkkeet, kuten oopium, puolestaan edistävät näiden illuusioiden kehittymistä heikentämällä käyttäjän kykyä erottaa fantasia todellisuudesta. On mahdollista, että tämä vaikutus voi jatkua lääkkeen vaikutusten häviämisen jälkeen.
Mielenterveyshäiriöt, joihin liittyy tiettyjen henkisten prosessien pysäyttäminen, voivat aiheuttaa hallusinogeenisia vaikutuksia heräämisen jälkeen. Masennushäiriöt, kuten vakava masennushäiriö (MDD) ja kausiluonteinen mielialahäiriö (SAD), ovat mahdollisia hypnopompisten hallusinaatioiden syitä. Näihin tiloihin liittyy usein unettomuus ja mielenterveyden heikkeneminen.
MDD: n tapauksessa on suuri mahdollisuus, että aistiharhat voivat johtua aivojen biologisista ongelmista. Tämä häiriö voi johtua esimerkiksi fysiologisesta kyvyttömyydestä tuottaa tai ylläpitää riittävää serotoniinitasoa. Tämä johtaa heikentyneeseen otsalohkon toimintaan ja sen seurauksena hallusinaatioihin. Joillakin yksilöillä on saattanut heikentyä etulohkon toiminta fyysisten vaurioiden tai synnynnäisten häiriöiden seurauksena, mikä tekee heistä todennäköisemmin hypnopompisia hallusinaatioita herätessään.