Geneettisesti muutetut elintarvikkeet valmistetaan kasveista tai eläimistä, joiden deoksiribonukleiinihappo (DNA) on muutettu tavalla, joka ei tapahdu luonnollisesti. Usein yksittäiset geenit siirtyvät organismista toiseen, vaikka organismit eivät olisi sukua. Tutkijat manipuloivat geenejä luodakseen kahdenlaisia geneettisesti muunnettuja elintarvikkeita: sellaisia, jotka antavat edun tuottajalle, ja niitä, jotka antavat edun kuluttajalle. Tuottajalle etuja ovat hyönteisten vastustuskyky, virusten vastustuskyky, lisääntynyt saanto tai kypsymisaika. Elintarvikkeita voidaan muuttaa tehdäkseen niistä houkuttelevampia asiakkaille saattamalla ne pysymään tuoreina pidempään tai lisäämällä niiden ravitsemuksellista tai lääkinnällistä arvoa.
Yksi yleinen kasveihin tehty muutos on antaa niille kyky sietää rikkakasvien torjunta -aine, joka tappaa muita kasveja. Tämä mahdollistaa geneettisesti muunneltujen satojen kasvamisen ilman, että heidän tarvitsee kilpailla tilasta, ravinteista tai valosta. Tämä muutos tehdään yleensä soijapapuihin ja rypsiöljyyn. Herbisidiresistentti geeni poistetaan bakteereista ja lisätään geneettisesti muutettuun satoon.
Toinen yleinen muutos on viljelykasvien tuottaminen myrkkyjen tuhoamiseksi. Sokerimaissi on yleisesti tällä tavalla kehitetty ruoka, joten viljelijöiden ei tarvitse suihkuttaa sokerimaissiaan hyönteismyrkkyillä, koska maissi vastustaa hyönteisiä lainattujen geeniensä vuoksi. Tätä geneettisesti muunnettua ruokaa kutsutaan Bt-maissiksi, koska tuholaisia tappava geeni on peräisin Bacillus thuringiensis -bakteereista. Perunat ovat toinen esimerkki geneettisesti muunnetuista elintarvikkeista, jotka tuottavat hyönteismyrkkyä.
Muita elintarvikkeita on muutettu geneettisesti, jotta ne olisivat houkuttelevampia kuluttajille. Mansikoita, paprikaa, banaaneja, ananasta ja tomaattia on muutettu pysymään tuoreena pidempään. Tutkijat ovat myös työskennelleet geneettisesti muutettujen elintarvikkeiden suunnittelussa, jotta ne olisivat ravitsevampia. Kultainen riisi on esimerkki tästä – riisiä on muutettu lisäämään A -vitamiinia. Tutkijat ovat työskennelleet tuottaakseen elintarvikkeita, joilla ei ole vain ylimääräistä ravintoa, vaan joilla on farmaseuttista arvoa, kuten rokotukset.
Muuntogeenisten eläinten käsite on vastustanut enemmän kuin muuntogeeniset kasvit. Monet maat ovat hyväksyneet muuntogeenisten kasvien tuotannon ja myynnin ja vaatineet lisää tutkimusta muuntogeenisistä eläimistä. Yksi geneettisesti muunnettu eläin, joka on hyväksytty Yhdysvalloissa, on geneettisesti muunnettu lohi. Näillä lohilla on ylimääräinen kasvuhormonigeeni, jonka ansiosta ne voivat kasvaa kaksi kertaa nopeammin kuin muuntamaton lohi.
Kovat juustot ovat toinen elintarviketyyppi, jonka valmistuksessa käytetään yleisesti geneettisesti muunnettuja organismeja. Juustoa valmistetaan perinteisesti juoksutteella, joka on uutetta lehmän vatsasta. Juuston valmistuksessa käytettävät entsyymit voidaan tuottaa geneettisesti muunnetuilla mikro -organismeilla. Teollisuusmaissa useimmat kovat juustot käyttävät näiden geneettisesti muunnettujen mikro -organismien entsyymejä.