Lääkäri käyttää endoskooppilaitteita tarkastellakseen kehon onteloa tai elintä käyttämällä endoskoopiksi kutsuttua työkalua, joka työnnetään luonnollisen aukon tai pienen kirurgisen aukon läpi. Näitä lääketieteellisiä kuvantamislaitteita käytetään diagnostisesti, leikkauksen aikana ja työkaluna anatomian parantamiseen. Kaksi pääryhmää endoskooppilaitteita ovat jäykät ja joustavat endoskoopit. Tietyt endoskoopit on nimetty tarkasteltaville ruumiinosille. Kolonoskooppia käytetään paksusuolen, esofagoskooppia ruokatorven ja antroskooppia nivelen sisäpuolen tarkasteluun.
Jäykät endoskoopit tarjoavat parhaan resoluution kuvia. Ne on valmistettu kiinteästä metalliputkesta, jossa käytetään linssejä kuvantamiseen ja kuituoptiikkaa valaistukseen. Jäykät endoskoopit eivät taipu, ja niitä käytetään kehon osien tarkasteluun, joihin pääsee käsiksi jäykälle laitteelle. Tämän tyyppisiä endoskooppisia laitteita käytetään nivelten, joidenkin naisten lisääntymiselinten sekä korvan, nenän ja kurkun tarkasteluun. Kolonoskoopit ovat toinen esimerkki tämän tyyppisistä endoskooppilaitteista.
Joustavat endoskoopit mahdollistavat kehon sisäosien katsomisen, joihin ei päästä jäykällä endoskoopilla. Kuituoptiikka, joka käyttää lasia tai muovikuitukimppuja, korvaa linssit. Optinen selkeys ja resoluutio riippuvat käytetyn kuidun tyypistä; paraslaatuisia kuvia tarjoavat yleensä sulatetut kvartsikuidut. Bronchoskoopit, joita käytetään henkitorven ja keuhkoputkien sisätilan tarkasteluun, ovat esimerkki joustavasta endoskoopista.
Laparoskoopit ovat eräänlainen endoskopialaite, jota käytetään pääasiassa vatsan leikkauksen aikana. Laparoskooppien käyttö on tehnyt monista kirurgisista toimenpiteistä vähemmän invasiivisia. Tätä työkalua ei käytetä vain elinten valaisemiseen ja katseluun, vaan se voidaan varustaa myös leikkausta avustavilla työkaluilla. Eräs leikkaustyyppi mahalaukun koon pienentämiseksi käyttää laparoskooppia nauhan sijoittamiseen vatsan osan ympärille. Kystoskooppi on laparoskoopin kaltainen kirurginen endoskooppityökalu, jota käytetään virtsarakon polyyppien poistamiseen virtsateiden kautta.
Kapselin endoskopiassa käytetään pientä kameraa, joka on sijoitettu kapselin sisään, joka ei ole suurempi kuin pilleri. Potilas nielee tämän, ja pienoiskamera tallentaa ruoansulatuskanavan kuvia, joihin ei päästä muilla endoskooppilaitteilla. Kapselia voidaan ohjata ohjaussauvalla ja magneettikentällä, kun se lähettää kuvia langattomasti. Tämäntyyppinen endoskopia suoritetaan ensisijaisesti ohutsuolen, mahalaukun ja paksusuolen välisen ruoansulatuskanavan alueen tarkasteluun, johon ei päästä ylemmän endoskopian tai kolonoskoopin avulla.
Kaikki lääketieteelliseen käyttöön tarkoitetut endoskoopit on suljettu steriloinnin varmistamiseksi. Eläinlääkärit käyttävät endoskooppisia laitteita lääketieteellisiin toimenpiteisiin samalla tavalla kuin lääkärit tekevät ihmispotilaille. Teolliset endoskoopit, joita kutsutaan boreskoopeiksi, käyttävät samanlaista tekniikkaa kuin lääketieteelliset endoskooppilaitteet, mutta niitä ei ole valmistettu kestämään sterilointimenettelyjä. Kehitys laparoskoopin optiikassa, valaistuksessa, kuvien näyttämisessä ja muissa ominaisuuksissa jatkuu, kun diagnostiikassa ja kirurgiassa kehitetään enemmän ei-invasiivisia suuntauksia.