Mesodermi on yksi kehittyvän alkion kolmesta pääkerroksesta, joita kutsutaan itusolukerroksiksi. Muita itusolukerroksia ovat endoderma ja ektoderma. Kun alkio kehittyy, näistä sukusolukerroksista kehittyy erilaisia elimiä ja kehon osia. Mesodermistä kehittyvät lihakset, luut, jotkut ihokudokset, sidekudokset, lisääntymis- ja virtsatiet sekä muut sisäelimet. Kaikkien monimutkaisten eläinten, myös ihmisten, alkioissa on varhaisessa kehityksessään mesodermaalisia kerroksia.
Mesodermin toiminta alkion kehityksessä edustaa monimutkaista prosessia, jolla ihmiset ja muut selkärankaiset kehittyvät kohdussa. Jokainen varhaisen alkion eri kerroksesta alkaa suhteellisen yksinkertaisina rakenteina, muuttuu ja kasvaa muodostaen lukuisia vuorovaikutteisia osia, jotka ovat välttämättömiä toimivan elävän olennon luomiseksi. Jokaisesta kerroksesta tulee elimiä ja kudoksia, jotka ovat riippuvaisia muissa kerroksissa syntyneistä kudoksista ja elimistä, joten jokaisen kerroksen täytyy kehittyä kunnolla kehittyäkseen elinkelpoiseksi sikiöksi.
Mesodermin sisällä on lisäkerroksia, jotka eriytyvät eri elimiksi ja kehon osiksi raskauden aikana. Kukin näistä osa -alueista kehittyy erilaisiksi elimiksi ja muiksi kehon kudoksiksi. Kahdesta muusta kerroksesta, ektodermasta ja endodermistä, tulee lopulta ulkoinen kudos, kuten iho ja hampaat (ektoderma), ja sisäinen kudos, joka vuoraa suurimman osan sisäelimistä (endoderma). Tämä kehitysprosessi on samanlainen useimmilla selkärankaisilla.
Yksi mesodermin kerroksista on sivulevyn mesodermi. Tämä alkion kudoksen osa jakautuu kerroksiksi, jotka kehittyvät kehon seinämään sekä suoliston ja verenkiertojärjestelmän seinämään. Toinen kerros, mesodermin välituote, tulee virtsa- ja lisääntymisjärjestelmiksi. Paraksiaalisesta mesodermistä tulee kasvojen lihakset, nikamat, luustolihakset ja ihon dermis -kerros. Chordamesoderm tai aksiaalinen mesodermi kehittyy selkärangan eri osiin.
Toinen etu tälle kehitystavalle on se, että coelom eli kehon onkalo muodostuu prosessin alussa. Tässä ontelossa on tilaa eri sisäelimille kehittyä. Kun eläin on kypsä, vatsaan sijoitetussa ruumiinontelossa on suurin osa elintärkeistä elimistä, jotka suojaavat herkkiä ja tärkeitä ruumiinosia, kuten sydäntä, keuhkoja ja suolistoa. Vatsaontelon vuoraus, jota kutsutaan vatsakalvoksi, on myös peräisin mesodermistä varhaisen kehityksen aikana.