Ystävälliset bakteerit, jotka tunnetaan myös nimellä probioottiset tai kommensaaliset bakteerit, ovat bakteereja, jotka antavat isäntälleen jonkin verran positiivista terveyshyötyä. Nämä bakteerit elävät isännän päällä tai kehossa, ja joissakin tapauksissa ne ovat itse asiassa kriittisiä hyvinvoinnille. Tutkijat oppivat jatkuvasti lisää näistä bakteereista ja niiden toiminnoista kehossa, ja he ovat tehneet yllättäviä löytöjä näiden bakteerien toiminnasta.
Yksi tunnetuimmista ystävällisten bakteerien ryhmistä on suolistossa esiintyvät bakteerit. Lukuisat bakteerilajit reunustavat suolistoa hyödyntääkseen runsaasti ravinteita, jotka liikkuvat suolen läpi päivittäin. Rikkoessaan ruokaa arvokkaiden ravintoaineiden saamiseksi bakteerit auttavat myös kehoa sulattamaan erilaisia ruokia ja lisäävät siten ravinnon määrää, jonka keho voi ottaa ruoasta. Probiootit bakteerit suolistossa myös torjuvat bakteerien hyökkääjiä, jotka voivat aiheuttaa infektion.
Ystävällisiä bakteereja löytyy myös suusta, mikä vähentää suuhun tulevien bakteerien ja virusten tartuntariskiä ja muiden limakalvojen vuorauksia. Iholla on suuri määrä hyviä bakteereja, jotka sulavat ihon erittämät jätteet.
On olemassa useita tapoja, joilla ystävällisten bakteerien tasapaino kehossa voidaan häiritä. Antibioottien käyttö infektioiden hoitoon voi tappaa joitakin kommensalibakteereita matkan varrella, koska antibiootit eivät aina ole kovin valikoivia. Terveysolosuhteet voivat myös johtaa epätasapainoon, kuten bakteerilajien kukoistamiseen, joita tavallisesti esiintyy vain vähän.
Joskus kommensalibakteereja voidaan tuoda tarkoituksellisesti kehoon auttamaan kehoa selviytymään epätasapainosta. Vaikka tämä käytäntö rajoittui kerran vaihtoehtoisen lääketieteen harjoittajiin, se on sittemmin kiinnittänyt huomiota tavallisiin lääkäreihin, jotka voivat harkita probioottilisien suosittelua tietyissä olosuhteissa oleville potilaille. Kokeellisissa menettelyissä on myös käytetty hyviä bakteereja vaihtoehtona antibiooteille, ja ystävälliset bakteerit poistavat bakteeri -infektiot. Esimerkiksi laktobacillus, jogurtista löytyvä kommensalibakteeri, näyttää olevan tehokas ehkäisemään suun tulehduksia.
Probiootteja voidaan lisätä kehoon käyttämällä tabletteja ja lisäravinteita, jotka sisältävät viljeltyjä probiootteja, ja myös nauttimalla viljeltyjä elintarvikkeita, joiden viljelmät ovat elossa, sen sijaan että ne neutraloidaan pastörointiprosessilla. Jogurtti ja juusto ovat kaksi yleisesti viljeltyä ruokaa, jotka on helppo lisätä ruokavalioon. Ihmisten ei pitäisi yrittää hoitaa sairautta ystävällisillä bakteereilla kuulematta lääkäriä.