Ensisijaisella infektiolla on kaksi merkitystä, ja se voi liittyä joko ensimmäisiin merkkeihin siitä, että henkilö/elävä olento on saanut tartunnan, tai infektiohierarkiaan, joka alkaa yhdestä sairaudesta. Toisessa määritelmässä henkilö, jolla on virus, kuten kylmä, voi saada bakteeri -infektion rinnassa, kuten keuhkoputkentulehdus. Nämä voidaan merkitä ensisijaiseksi ja toissijaiseksi infektioksi, jotka molemmat johtuvat alkuperäisestä kylmästä. Toisaalta primaarinen infektio, joka johtuu ensimmäisestä kosketuksesta virus- tai bakteerilähteeseen, saattaa tarkoittaa ensimmäisiä merkkejä tästä infektiosta. Nämä tunnistetaan usein erityisiksi oireiksi.
Sairauden tai ensisijaisen infektion ensimmäiset oireet tunnistetaan usein sairauksissa, jotka elävät edelleen kehossa ja muuttuvat kroonisiksi. Sukupuolielinten herpes on yksi näistä sairauksista. Haavaumat, jotka kehittyvät sukupuolielimissä tai ympäröivillä alueilla, merkitsevät yleensä ensimmäistä infektiota altistumisen jälkeen, ja ne voivat kestää useita viikkoja. Muita oireita, kuten päänsärky, kipu, flulike -tunteet, kuume tai rauhasen turvotus, voi myös esiintyä, eikä niitä voi esiintyä niin usein taudin myöhemmissä ilmenemismuodoissa.
Kun ihmiset saavat uudelleen herpes -rakkuloita, tilaa kutsutaan toistuvaksi sen sijaan, että sitä kutsuttaisiin ensisijaiseksi infektioksi. Ensimmäinen vastaus virustartuntaan on ensisijainen, ja kaikki muut taudin ilmentymät ovat toistuvia, mikä osoittaa sen kroonisen luonteen. Muita sairauksia, joilla on ensisijainen infektio, ovat muun muassa HIV/AID: t, muut herpesvirukset, kuten vesirokko, ja jotkut hepatiitin muodot. Kaikissa näissä asioissa on huomattava, että ensimmäisestä altistumisesta johtuvat oireet voivat olla hieman erilaiset kuin taudin ilmenemismuoto myöhemmin; ne ovat ensimmäinen immuunivaste tartunnalle altistumiselle.
On monia tapauksia, joissa ensisijaista ja toissijaista käytetään kuvaamaan sairautta, joka aiheuttaa useita infektioita. Nämä infektiot ovat usein luonteeltaan virus-/bakteeri -infektioita. Monet ihmiset saavat viruksia, jotka heikentävät immuunijärjestelmää ja johtavat todennäköisesti toissijaisiin bakteeri -infektioihin. Ensisijainen infektio on siis alkuperäinen virus, mutta sen kyky saada ihmiset alttiiksi bakteeri -infektioille voi tarkoittaa, että lääkärit ovat varuillaan.
Viruksen, kuten sukupuolielinten herpesin, haavaumien huono hoito voi joskus johtaa ihoinfektioon tai selluliittiin. Vaikka lääkäri ei hoitaisi herpesinfektiota antibiooteilla, koska se on virusperäistä, hän saattaa käyttää antibiootteja, jos herpes rakkulat saavat tartunnan, tappaa toissijaisen infektion. Antibiooteilla ei olisi vaikutusta primaariseen infektioon, mutta ne voisivat käsitellä toissijaisen infektion.
Monet influenssavirukset ovat alttiita aiheuttamaan toissijaisia infektioita, kuten keuhkoputkentulehdus, keuhkokuume tai poskiontelo- ja korvatulehdukset. Jälleen antibiootteja voidaan käyttää näiden ongelmien ratkaisemiseen. Silti he eivät pääsisi eroon influenssasta, joka on virus. Ihmisillä, jotka ovat alttiimpia tämän tyyppisille toissijaisille infektioille, voi olla heikentynyt immuunijärjestelmä, ja lääketieteellisesti haavoittuvassa asemassa toissijaisten infektioiden tarkkailu on erittäin tärkeää tietyissä sairauksissa