Kognitiiviset vajavaisuudet, aivotoiminnan vaihtelut, jotka vaikeuttavat kognitiivisten tehtävien suorittamista, ovat monenlaisia. Ne voidaan jakaa laajasti yleisiin ja erityisiin alijäämiin sen mukaan, liittyvätkö ne yleiseen toimintaan liittyviin ongelmiin, kuten henkinen kehitysvammaisuus, tai vaikeuksiin tietyntyyppisten kognitiivisten tehtävien, kuten kielen oppimisen, kanssa. Kognitiivisten puutteiden hoito vaihtelee niiden syyn ja vakavuuden mukaan, ja se voi sisältää lääkkeitä, hoitoa ja tukihoitoa.
Aivotoimintaa voidaan muuttaa useista syistä. Joillakin ihmisillä on synnynnäisiä kognitiivisia puutteita, jotka johtuvat sikiön kehityksen vaihteluista, geneettisistä häiriöistä tai aivovaurioista syntyessään. Muille ihmisille kehittyy alijäämiä progressiivisten neurologisten sairauksien, päävammojen ja huumeiden käytön seurauksena. Joskus nämä alijäämät ovat luonteeltaan iatrogeenisia, johtuen lääketieteellisestä hoidosta. Joidenkin lääkkeiden tiedetään vaikuttavan esimerkiksi kognitiiviseen toimintaan.
Yleisten kognitiivisten puutteiden tapauksessa potilaat kokevat kognitiivisen toiminnan yleisen heikkenemisen. Heillä on vaikeuksia suorittaa erilaisia tehtäviä, eivätkä he välttämättä pysty toimimaan itsenäisesti. Neurologiset häiriöt, etenkin pitkälle edenneessä vaiheessa, voivat aiheuttaa tämän tasoisen heikentymisen, samoin kuin jotkut synnynnäiset sairaudet. Esimerkiksi Downin oireyhtymän kaltaisiin sairauksiin liittyvillä kehitysvammaisilla lapsilla on yleisiä kognitiivisia puutteita. Jotkut mielisairaudet voivat myös aiheuttaa tällaisia vajeita häiritsemällä aivotoimintaa, ja joissakin tapauksissa mielenterveysongelmien hoitoon käytettävät lääkkeet johtavat aivotoimintaongelmien kehittymiseen.
Tietyillä alijäämillä ihmiset voivat toimia hyvin joillakin alueilla, eivät toisilla. Dysleksia, oppimisvaikeudet, kuten ADHD, ja kuulonkäsittelyhäiriö ovat muutamia valittuja esimerkkejä erityisistä kognitiivisista puutteista. Näillä potilailla aivotoiminta on odotusten mukainen ja potilas voi suorittaa erilaisia kognitiivisia tehtäviä, mutta hänellä on vaikeuksia toimia vaativissa tehtävissä tietyillä aivojen alueilla. Nämä potilaat voivat olla erittäin taitavia tietyntyyppisissä tehtävissä ja joskus osoittavat korkeaa sopeutumismahdollisuutta kompensoidakseen alijäämänsä.
Kun ihmiset menevät lääkäriin kognitiivisten puutteiden kanssa, suoritetaan perusteellinen arviointi ongelman laajuuden dokumentoimiseksi ja saadakseen lisätietoja mahdollisesta syystä. Näitä tietoja voidaan käyttää hoitosuunnitelman laatimiseen. Potilaan sopeuttaminen on yleinen osa hoitoa, jossa käytetään esimerkiksi muutoksia oppilaan opetussuunnitelmaan, joka on suunniteltu auttamaan opiskelijaa oppimaan. Joskus lääkkeet voivat auttaa, erityisesti tietyissä kognitiivisissa puutteissa, samoin kuin työterapia, joka auttaa potilasta kehittämään elämäntaitojaan.