Potilas suorittaa endoskopian valmisteluvaiheita, joihin liittyy koulutusta ja kehonsa valmistelua menettelyä varten. Nämä vaiheet sisältävät kaiken lääkärisi kuulemisesta tapaamisesta ruoan, lääkkeiden ja tupakan käytön lopettamiseen ennen testiä. Potilaiden on jopa otettava huomioon vaatteet, joita he käyttävät toimenpiteen aikana. Kun hän on sairaalassa, hän ja hänen lääketieteellinen henkilökuntansa jatkavat endoskooppista valmistelua, jonka tarkoituksena on auttaa testiä suorittamaan mahdollisimman sujuvasti ja tehokkaasti. Joidenkin näiden valmisteiden luonteen vuoksi endoskoopit edellyttävät yleensä potilaiden mukana matkaa kotiin.
Yksi ensimmäisistä vaiheista endoskopian valmisteluun on tapaaminen lääkärin ja potilaan välillä. Tämän tapaamisen aikana lääkäri selittää potilaalle toimenpiteen ja endoskooppisen valmistelun ja jälkihoidon vaiheet. Sitten hän vastaa potilaan mahdollisiin kysymyksiin.
Potilas kertoo lääkärille kaikista allergioistaan sekä paljastaa kaikki reseptilääkkeet ja käsikauppalääkkeet. Lääkäri kertoo hänelle, joudutaanko hänen lopettamaan lääkitys ennen endoskopiaa ja jos on, mitä lääkkeitä hänen on lopetettava ja kuinka kauan. Yleensä lääkärit neuvovat potilaita lopettamaan aspiriinia tai sukralfaattia sisältävät lääkkeet. Nämä lääkkeet voivat antaa vääriä testilukemia. Ennen tapaamisen päättymistä lääkäri pyytää potilasta allekirjoittamaan suostumuslomakkeen, jossa hän kertoo ymmärtävänsä endoskopian valmisteluvaiheet, toimenpiteen riskit ja jälkihoitovaatimukset.
Yleensä endoskoopit suunnitellaan aamuaikoina, koska potilaiden on lopetettava syöminen ja juominen vähintään kahdeksan tuntia ennen toimenpidettä. Jotkut lääkärit neuvovat potilaita lopettamaan syömisen 10 tuntia ennen testiä. Kirkkaat nesteet voidaan sallia neljä tuntia ennen endoskooppista toimenpidettä, ja potilaat saavat yleensä harjata hampaansa ennen sairaalaan lähtöä. Jos lääkäri päättää, että potilas voi jatkaa tiettyjen välttämättömien lääkkeiden ottamista, potilas voi yleensä ottaa ne kaksi tuntia ennen toimenpidettä veden kanssa. Tyypillisesti tupakan käyttäjiä kehotetaan lopettamaan tupakkatuotteiden käyttö vähintään kuusi tuntia ennen endoskopiaa.
Potilaan endoskopian valmistelua jatketaan sairaalassa. Todennäköisesti lääkäri tai sairaanhoitaja kysyy häneltä, noudattaako hän kaikkia muita endoskopian valmisteluvaiheita. Potilaiden tulee käyttää löysiä vaatteita toimenpiteen aamuna, ilman vetoketjuja, rintaliivejä ja muita metalleja. Jos potilas käyttää proteeseja tai silmälaseja, hänen on poistettava ne ennen endoskopiaa. Jotkut lääkärit saattavat mieluummin potilaiden poistaa myös kaikki korut, kuten suuret korvakorut ja kaulakorut, sekä kielen tai huulten lävistykset.
Yleensä potilaat saavat ajankohtaista puudutusta juuri ennen endoskopiatestiä. Tämä tukahduttaa suun ja kurkun alueen tukkeutumisen estämiseksi. Lääkäristä ja potilaasta riippuen potilas voi myös saada ahdistusta ehkäiseviä lääkkeitä, anestesiaa tai molempia. Jommankumpaa tai molempia näistä lääkkeistä voidaan käyttää potilaan rentoutumiseen ja tukkoisten, jäykkien ja supistuneiden lihasten estämiseen ja refleksien rauhoittamiseen. Yleensä potilas, joka on juuri saanut endoskooppisen toimenpiteen, ei saa ajaa itseään kotiin ja hänen on poistuttava sairaalasta perheenjäsenen, ystävän tai muun luotettavan tuttavan kanssa.