Kipu on yksi vaikeimmista sanoista määritellä. Se voi aiheuttaa monia tunteita – kipeä, polttava, repiminen, puukotus – ja eri vaikeusasteilla, mutta yksi ominaisuus, josta useimmat voivat olla samaa mieltä, on se, että kipu on epämukavaa. Monissa tapauksissa voidaan ainakin tehdä tietoinen arvaus kivun lähteestä. Joidenkin tyyppien, kuten nivelkipujen, sijainti voi kuitenkin vaikeuttaa tunnistamista. Lisäksi monet olosuhteet aiheuttavat yleistynyttä kipua, joka saattaa aluksi tuntua tunnistamattomalta. Vaivoja, jotka voivat aiheuttaa selittämätöntä kipua, ovat hermohäiriöt, autoimmuunisairaus, ravinnepuutokset ja somatoforminen kipu tai muut psykologiset lähteet.
Tulehdukselliset sairaudet, erityisesti luiden ja nivelten ympärillä, voivat aiheuttaa turvotusta ja ärsytystä. Koska näitä vaivoja esiintyy kehon sisällä, kipu voi aluksi tuntua selittämättömältä. Tällainen tulehdus on usein seurausta vähäisestä vammasta tai infektiosta. Liittyvät kivut voivat levitä luita pitkin, jolloin kivun lähde on vaikea löytää, mikä johtaa näennäisesti selittämättömään kipuun.
Tietyt häiriöt, kuten autoimmuunisairaudet ja syöpä, voivat myös tuhota herkkiä sisäisiä rakenteita. Ensimmäisessä tapauksessa lupuksen kaltaiset olosuhteet vaikeuttavat kehon puolustavien valkosolujen erottamista haitallisista aineista normaalien kehon kudosten välillä. Tämän seurauksena immuunijärjestelmä todella hyökkää kehoon, mikä todennäköisesti aiheuttaa kipua. Syöpäsoluilla on samanlainen vahingollinen vaikutus terveisiin kudoksiin, etenkin kun tauti leviää ja tunkeutuu eri kehon alueille. Kaikki rauhasista verisuoniin voidaan kohdistaa näihin vakaviin tiloihin, ja keholle luodaan vuorostaan joukko komplikaatioita, mukaan lukien selittämätön kipu.
Toinen merkittävä kivun lähde ilman ilmeistä syytä on hermon toimintahäiriö. Hermopäätteet voivat syttyä väärin ja aiheuttaa pistelyä tai polttavaa tunnetta. Näitä ajoittain esiintyviä epämukavuuksia voi esiintyä missä tahansa kehossa ja ne voivat pahentua yöllä tai kosketuksen kautta. Taustat, kuten diabetes, keliakia ja autoimmuunisairaudet, voivat johtaa hermovaurioihin. Joissakin tapauksissa näiden olosuhteiden tarkat syyt ovat tuntemattomia.
Elimistölle välttämättömien ravintoaineiden riistäminen voi heikentää myös eri alueita ja johtaa näennäisesti selittämättömälle kipuun. Esimerkiksi D -vitamiinin puute voi tehdä luista hauraita ja alttiimpia kulumiselle ja siihen liittyville kivuille. Muut puutteet voivat vaikuttaa lihaksiin ja ihoon.
Yksi kehon salaperäisimmistä ja vilkkaimmista elimistä, aivot, on viime kädessä vastuussa kaikesta kivusta, oli se sitten selitetty tai selittämätön kipu. Tämä elin lähettää ja vastaanottaa signaaleja, jotka keho tunnistaa kipuna. Joskus aivot voivat lähettää nämä signaalit vahingossa, vaikka tämän vastauksen tarkka syy on suurelta osin mysteeri. Fibromyalgia on yksi sairaus, jonka uskotaan johtuvan osittain aivojen herkistä kipureseptoreista, ja sille on ominaista äärimmäinen väsymys ja kipu paineen jälkeen. Lisäksi tietyt psykologiset tekijät, kuten stressi ja masennus, voivat muuttaa aivokemiaa ja edistää kipuja ja yleensä huonovointisuutta.