Patogeeni tulee kahdesta kreikkalaisesta sanasta: patos tarkoittaa sairautta ja genein tarkoittaa “tuottaa”. Se viittaa aineeseen tai mikro -organismiin, joka kykenee tuottamaan sairauden. Prionit ovat esimerkki taudinaiheuttajasta. Kun kyseessä on mikro -organismin leviävä tauti, syyllinen voi olla sieni, alkueläin tai bakteeri -taudinaiheuttaja. Virukset voidaan sisällyttää mikro -organismeiksi, mutta koska on olemassa kiistely siitä, elävätkö ne, ne voidaan myös luokitella tekijöiden luokkaan.
Kaikki bakteerit eivät ole patogeenisiä, mutta ne, jotka ovat, voivat uhata eläinten, ihmisten ja kasvien elämää. Esimerkkejä bakteerisista patogeeneistä ovat Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus, Bacillus anthracis, Rickettsia, Listeria ja Salmonella. Bakteerin patogeenisyys mittaa sen kykyä tai todennäköisyyttä aiheuttaa tautia, mitattuna kvantitatiivisesti sen virulenssina. Erityisiä tekijöitä, jotka aiheuttavat bakteeripatogeenien virulenssin, kutsutaan virulenssitekijöiksi.
Virulenssitekijöihin kuuluu erilaisia ominaisuuksia, jotka vaikuttavat sen onnistumiseen sijoittautua isäntäänsä tai sen päälle ja aiheuttaa tautia. Bakteerisilla patogeeneillä voi olla suhteellisen vähän tai monta virulenssitekijää. Tekijöitä, joita bakteeri -taudinaiheuttajilla voi olla, ovat myrkkyjen tuottaminen, proteiinit, jotka auttavat kiinnittymään isäntään, ja kyky suojata omaa pintaa.
Toinen tapa tarkastella bakteeripatogeenien tehokkuutta on tarkastella niitä invasiivisuuden ja toksigeneesin kannalta. Tässä tapauksessa kyky tuottaa myrkkyjä, jotka vaikuttavat kudoksiin sekä lähellä että kaukana kasvu- tai hyökkäyspisteestä, on erotettu kaikista tekijöistä, jotka mahdollistavat bakteerien onnistuneen tunkeutumisen toiseen organismiin.
Bakteeri -taudinaiheuttajat aloittavat hyökkäyksensä isäntään kolonisaation kautta ja asettuvat isännän kudoksiin, yleensä kohdassa, joka ylläpitää yhteyttä ulkoiseen ympäristöön. Ihmisen isännän kanssa tämä käsittäisi sidekalvon, ruoansulatuskanavan, hengitysteiden ja virtsateiden. Bakteeripatogeenit käyttävät adhesiineja vuorovaikutuksessa isäntäsolujen reseptoreiden kanssa.
Seuraavaa bakteeri -taudinaiheuttajien tartunnan vaihetta kutsutaan hyökkäykseksi. Tekijöitä, jotka voivat auttaa hyökkääviä bakteereja, ovat invasiineiksi kutsutut aineet, joilla on kaksi tarkoitusta: vahingoittaa isännän soluja ja mahdollistaa bakteeripatogeenin leviäminen.
Bakteeri -taudinaiheuttajien aiheuttamia tartuntatauteja voidaan hoitaa yhdellä kolmesta eri antimikrobisten aineiden ryhmästä. Luonnossa esiintyvien mikrobilääkkeiden ryhmää kutsutaan antibiooteiksi; kemiallisesti syntetisoitujen antimikrobisten aineiden ryhmää kutsutaan kemoterapeuttisiksi aineiksi; ja hybridit alkavat luonnossa esiintyvästä aineesta, jota muutetaan. Jotkut ensimmäisen ryhmän jäsenet voidaan nyt syntetisoida.