Meditaatiotyöpaja on käytännön kurssi meditaation oppimiseen. Tällainen työpaja sisältää yleensä pienen määrän teoriaa ja keskittyy yleensä ohjattuun meditaatiotilaisuuteen, jossa ohjaaja puhuu opiskelijoille meditaatioprosessin kautta. Yleensä tällaisia kursseja annetaan ihmisryhmälle, vaikka yksittäisiä meditaatiotyöpajoja on myös saatavilla. Ohjattu meditaatio on hyödyllinen niille, jotka eivät ole koskaan meditoineet ennen ja joilla on vaikeuksia löytää aikaa ja kärsivällisyyttä yksin tekemiseen. Meditaatiotyöpaja tarjoaa aikaa, jolloin ainoa tarkoitus on meditoida ja muut huolenaiheet häiritsevät paljon vähemmän meditaatioprosessia.
Meditaatiotyöpajan tarkka luonne vaihtelee huomattavasti sen mukaan, millaista meditaatiota harjoitellaan. Monet meditaatiomuodot, kuten zen -meditaatio, perustuvat mielen puhdistamiseen kaikesta ajatuksesta ja täydellisen rentoutumisen saavuttamiseen. Muut muodot perustuvat tiettyihin uskonnollisiin käytäntöihin, ja niihin liittyy ensisijaisesti uskonnollisen periaatteen, kuten raamatullisen jakeen, pohtiminen. Mikä tahansa meditaation tavoite on, meditaatiotyöpajan ohjaaja pyrkii puhumaan opiskelijoille tarvittavien henkisten vaiheiden kautta. Jotkut pyrkivät auttamaan oppilaita keskittymään hengitykseen, ei mihinkään muuhun, kun taas toiset yrittävät keskittyä oppilaisiin tiettyyn ajateltavaan ajatteluun.
Joissakin tapauksissa meditaatiotyöpaja alkaa lyhyellä keskustelulla tietyn meditaatiokoulun taustalla olevasta teoriasta. Tämä sisältää yleensä selityksen meditaation arvosta ja työpajan tavoitteista. Meditaatiotyöpajan pääpaino on yleensä onnistuneesti meditaatiotilaan siirtymisessä. Oppilailla on tapana istua tyynyillä lattialla tai mukavilla tuoleilla, kun ohjaaja selittää askel askeleelta, mitä heidän on tehtävä ja ajateltava. Joissakin tapauksissa tämä selitys kattaa kaiken hengityksen hengittämisestä istumiseen.
Jotkut meditaatiotyöpajat on tarkoitettu ensisijaisesti opettavaisiksi, kun taas toisten on tarkoitus antaa ihmisille mahdollisuus meditoida säännöllisesti. Ohjaava meditaatiotyöpaja tarjoaa yleensä oppilaille tietoa, jota he tarvitsevat meditaatioon omalla ajallaan ohjatun meditaatioistunnon tai -istuntojen lisäksi. Toinen meditaatiotyöpajan muoto sisältää yleensä vain ohjattua meditaatiota. Ihmiset käyttävät yleensä tällaisia työpajoja kannustaakseen käyttämään aikaa meditaatioon, varsinkin jos he häiritsisivät itsensä helposti tai asettavat muut tehtävät etusijalle ilman tällaista ohjausta.