Epäsäännölliset kuukautiset voivat ilmetä useista syistä. Jotkut naiset ovat yksinkertaisesti alttiimpia epäsäännöllisille sykleille kuin toiset; Vaikka keskimääräinen sykli on 28 päivää, jotkut naiset kokevat lyhyempiä 21 päivän jaksoja tai esimerkiksi pidempiä 40 päivän jaksoja. Epäsäännöllisten kuukautisten syistä ei useinkaan ole syytä huoleen, koska elämäntapamuutokset ruokavalioon, liikuntaan ja jopa stressitasoon voivat kaikki vaikuttaa jaksoon, muuttaa syklin pituutta tai aiheuttaa raskaampia tai kevyempiä jaksoja. Tietyt lääkkeet, erityisesti syntyvyyden hallinta, ovat yksi yleisimmistä syistä epäsäännöllisiin kuukautisiin.
Usein yksi ensimmäisistä raskauden merkeistä on kuukautisten menettäminen, joten on tärkeää pitää tämä mielessä, jos raskaus on mahdollista. Sairaus, kuten munasarjakystat, voi myös aiheuttaa epäsäännöllisiä kuukautisia, jotka ovat usein erittäin kivuliaita. Tästä syystä on hyvä idea käsitellä ongelmaa lääkärin kanssa, jos se ei ratkea muutaman kuukautiskierron aikana varmistaaksesi, että mitään vakavampaa ei tapahdu. Muussa tapauksessa epäsäännöllisten kuukautisten syyt voidaan yleensä selvittää tutkimalla viimeaikaisia elämäntapamuutoksia tai yleistä fyysistä terveyttä. Esimerkiksi äskettäiset leikkaukset tai sairaudet ovat yleisiä epäsäännöllisten kuukautisten syitä.
Liiallinen harjoittelu tai tiukkojen ruokavalioiden noudattaminen ovat yleisimpiä syitä epäsäännöllisiin kuukautisiin. Tällaiset toimet johtavat usein hyvin kevyisiin tai kokonaan ohitettuihin jaksoihin. Kuukautisten loppuminen tunnetaan amenorreana, ja sitä esiintyy usein naisilla, joilla on syömishäiriöitä, sekä edellä mainituissa tapauksissa. Pitkäaikainen amenorrea ei ole tervettä, ja vaikka syy olisi raskas liikunta, useampi kuin yksi tai kaksi kuukautista on merkki siitä, että saattaa olla aika leikata.
Ehkäisypillerit tekevät myös ajanjaksosta kevyemmän tai olemattoman, vaikka joillakin naisilla on päinvastainen vaste ja heillä on raskaampia kuukautisia tai verenvuotoa kuukautisten välillä. Joskus vaihtaminen toisen merkkiseen ehkäisypilleriin voi auttaa torjumaan näitä ongelmia ja säätelemään sykliä. Usein kestää jonkin verran kokeilua ja erehdystä, ennen kuin löydät sellaisen, joka toimii hyvin.
Lisääntynyt stressitaso ja riittämätön uni ovat myös usein syitä epäsäännöllisiin kuukautisiin. Erityisesti stressi voi olla erittäin vahingollista keholle, joten on tärkeää saada se hallintaan mahdollisimman paljon. On suositeltavaa, että yksilöt nukkuvat kuudesta kahdeksaan tuntiin joka yö; tämä auttaa torjumaan stressiä ja edistämään normaaleja kuukautiskiertoja. Nämä ovat vain muutamia yleisimpiä syitä epäsäännöllisiin kuukautisiin, ja on tärkeää seurata sykliä joka kuukausi ollaksesi tietoinen kaikista muutoksista.