Naturopaattiseen testaukseen kuuluu yleensä kehon toimintojen analysointi käyttäen ei-perinteisiä lääketieteellisiä menetelmiä. Verinäytteitä otetaan joskus naturopaattisiin testeihin, ja myös sydämen toiminnan analyysi voidaan suorittaa. Tietokoneistettuja instrumentteja voidaan käyttää hermoston energian analysointiin akupunktiopisteiden avulla, kun taas muut analyysit voivat auttaa määrittämään ruoka -intoleranssin, immuuniongelmat ja tiettyihin elimiin liittyvät toksiinit. Ruoansulatustoiminta on usein osa naturopaattista testausta, samoin kuin kehon rasvan, veden ja luun koostumuksen analyysi.
Usein testit ja näyteanalyysit tehdään talon sisällä naturopaattisilla testeillä. Asiantuntija voi myös lähettää näytteitä tarvittaessa laboratorioon. Tämäntyyppinen lääketieteellinen testaus keskittyy tyypillisesti kehon energiaan, mukaan lukien se, miten sen uskotaan liittyvän systeemiseen tasapainoon ja eri elinten terveyteen. Testi vaatii usein näytteitä potilaan verestä. Joskus tämä tehdään vetämällä verta sormesta; mikroskooppinen analyysi suoritetaan usein vitamiinien ja kivennäisaineiden puutteiden sekä erilaisten aineiden myrkyllisten tasojen löytämiseksi.
Verityö voi myös löytää korkeita rasvapitoisuuksia ja maksavajeita. Testi nimeltä Digital Pulsewave Analysis kykenee tyypillisesti mittaamaan valtimoiden terveyttä ja määrittämään niiden biologisen iän; siihen liittyvien sairauksien riskejä voidaan arvioida myös tällä testillä. Naturopaattinen testaus ei voi vain seurata sydämen toimintaa yksityiskohtaisesti, vaan autonomisen hermoston toimintaa yhdessä neurologisten järjestelmien kanssa, jotka liittyvät stressiin ja lepotilaan. Biologisia säätelyprosesseja mitataan usein tällä tavalla myös naturopaattisessa lääketieteessä.
Muita naturopaattiseen testaukseen liittyviä toimenpiteitä voivat olla kehon biokemian analyysi. Virtsa, sylki ja veri testataan usein entsyymien ja molekyylien sekä normaalin toiminnan edellyttämien aminohappojen varalta. Immuniteettia ja metallimyrkyllisyyttä analysoidaan joskus tällaisilla menetelmillä mahdollisten haitallisten alkuaineiden ylimäärien löytämiseksi. Elektrodermikaalinen testaus sisältää yleensä lukemien ottamisen akupunktiopisteistä, minkä naturopaattiset lääkärit uskovat kuvaavan sisäelinten toimintaa.
Myrkyt ja mineraalit löytyvät myös testaamalla hiuksia, koska monet näistä aineista keskittyvät niihin. Naturopaattisen lääketieteen tutkimuksessa on havaittu, että tietyt silmä-, immuuni- ja maksa- ja kipulääkkeet ovat usein tehokkaita eri ikäryhmille. Usein testataan erilaisia kehon toimintoja, ja luonnontieteitä terveydenhuollon muotona tutkivat edelleen eri tutkimusryhmät, jotka ovat sidoksissa suuriin instituutteihin ja yliopistoihin.