Yksi tärkeimmistä oireista lasten gluteeni -intoleranssista on vatsakipu, joka usein johtaa ruokahalun heikkenemiseen ja oksenteluun. Tällaiset oireet aiheuttavat usein kasvun epäonnistumisen oikeaan tahtiin. Lisäksi fyysinen epämukavuus voi aiheuttaa tiettyjä käyttäytymisongelmia, kuten ärtyneisyyttä, väsymystä ja masennusta. Gluteeni -intoleranssin oireita lapsilla ei yleensä havaita, ennen kuin he ovat tarpeeksi vanhoja, jotta he voivat alkaa syödä tätä proteiinia sisältäviä elintarvikkeita, kuten leipää, pehmeää juustoa, viljaa, kakkua, leivonnaisia, pastaa ja jalostettua lihaa.
Herkkyyttä gluteenille, joka on vehnän, ohran, rukiin ja kauran proteiini, ei aina tunnisteta lapsille, koska vanhemmat eivät välttämättä huomaa oireita. Lasten gluteeni -intoleranssin ensisijaisia indikaattoreita ovat epämukavuus suolistossa. Ruokahalun heikkeneminen on toinen merkki, todennäköisesti johtuen vatsan kouristuksista ja kivusta, mikä vaikeuttaa edes ajatella syömistä. Oksentelua esiintyy usein, vaikka lapsi todella syö. Ripuli, kaasu ja ummetus ovat muita vatsavaivoja, joita esiintyy usein gluteeni -intoleranssilla lapsilla. Itse asiassa närästys, ärtyvän suolen oireyhtymä, happamat refluksi ja peräsuolen verenvuoto voivat ilmetä lapsilla, joilla on gluteeni -intoleranssi, joten heidän on viisasta välttää ongelmia aiheuttavia ruokia.
Tämä vatsavaivat johtavat usein laihtumiseen tai ainakin kyvyttömyyteen nousta kunnolla. Turvonnut vatsa, johon on liitetty epätavallisen ohuet jalat ja kädet, voi usein olla merkki gluteeni -intoleranssista lapsilla. Tämä johtuu siitä, että he eivät pysty absorboimaan ravinteita oikein ja heillä on yleensä sairaus niin usein, että he eivät syö niin paljon tai niin usein kuin pitäisi. Myös murrosikä viivästyy vuosia gluteeni -intoleranssilla lapsilla, koska he eivät pysty syömään paljon niiden vuosien aikana, jolloin heidän oletetaan kasvavan eniten.
Niin paljon fyysistä epämukavuutta ja kyvyttömyys kasvaa voi usein johtaa käyttäytymismuutoksiin kärsivillä lapsilla. Ärtyneisyys, väsymys, mielialan vaihtelut ja masennus esiintyvät usein lapsilla, jotka eivät kykene absorboimaan ravinteita kunnolla gluteeni -intoleranssin vuoksi. Päänsärky, anemia ja nivelkipu eivät yleensä paranna mielialaa. Lisäksi lapset, joilla on tämä ongelma, kärsivät tyypillisesti muista pienistä mutta tuskallisista lääketieteellisistä ongelmista, kuten suun haavaumista, ihottumasta iholla ja hammasongelmista. Tällaisia oireita on odotettavissa ja ne vaikuttavat yleensä käyttäytymismuutoksiin, kunnes lapsella diagnosoidaan gluteeni -intoleranssi ja lopulta poistetaan ongelma aiheuttavat elintarvikkeet.