Suurin osa keskenmenoista johtuu syistä, joita ei voida tunnistaa. Suuri määrä johtuu kromosomipoikkeavuuksista, hormoneista ja elämäntapavalinnoista. Implantaatiossa on usein ongelmia, tai äidin ikä voi olla tekijä. Joskus kudoksen hylkääminen tai infektio mainitaan syynä. Keskeytymiseen on monia syitä, ja vaikka kromosomipoikkeavuudet ovat todennäköisesti yleisimpiä, erilaiset ominaisuudet lapsen vanhemmista voivat tehdä muita tekijöitä todennäköisemmiksi.
Kromosomaaliset poikkeavuudet ovat yksi yleisimmistä syistä keskenmenoon. Ongelmat kromosomien kanssa ovat lähes täysin satunnaisia, vaikka vanhempien geenit voivat aiheuttaa keskenmenon. On paljon todennäköisempää, että sikiön menetys johtuu viallisesta munasta tai siittiöistä, mikä ei välttämättä edusta vanhempien lisääntymispotentiaalin yleistä laatua. Jos toistuvia keskenmenoja tapahtuu, on todennäköisempää, että geneettinen ongelma on jossakin vanhemmista.
Äidin terveysongelmat ovat myös yleisiä syitä keskenmenoon. Progesteronin puute on erityisen yleinen äitien terveysongelma, joka joskus johtaa spontaaniin aborttiin. Infektio voi aiheuttaa abortin, mutta tämä on ongelma, joka on joskus vältettävissä. Tietyt sairaudet, kuten hoitamaton diabetes tai munasarjojen monirakkulaoireyhtymä, aiheuttavat naisille suuremman keskenmenon riskin, mutta tämä ei ole erityisen yleinen ongelma väestössä, koska se tiedetään yleensä ennen raskautta. Vaikka äidin ikä ei ole terveysongelma, se korreloi myös korkeamman keskenmenon kanssa.
Yleensä sikiöön negatiivisesti vaikuttavat elämäntavat lopetetaan, kun raskaus havaitaan, joten käyttäytymisongelmat ovat suhteellisen harvinaisia syitä keskenmenoon. Naiset, jotka jatkavat esimerkiksi tupakointia, liiallista juomista ja kofeiinin käyttöä raskauden aikana, voivat kokea keskenmenoja enemmän. Tietyt lääkkeet voivat myös vaikuttaa raskauteen. Useimmat naiset huolehtivat sikiön turvallisuuden varmistamisesta, mikä tekee näistä harvemmin syistä keskenmenon.
Monet toimet, joita pidetään yleisesti keskenmenojen aiheuttajina, ovat itse asiassa varsin turvallisia. Naiset voivat jatkaa työskentelyä, liikuntaa ja olla yhdynnässä aiheuttamatta lisäriskiä sikiölle. Jopa syyt, kuten äidin trauma, eivät todennäköisesti aiheuta keskenmenoa, koska raskauden alkuvaiheessa sikiö on erittäin suojattu äidin keholta. Vain vakava trauma ja äärimmäinen toiminta voivat aiheuttaa keskenmenon.
Vaikka tietyt keskenmenon syyt ovat yleisempiä maailmassa, tiettyjä ryhmiä tarkasteltaessa eri syyt nousevat listan kärkeen. Esimerkiksi ryhmät, jotka harrastavat usein riskialtista toimintaa ilman pääsyä lääketieteelliseen hoitoon, kuten huumeiden väärinkäyttäjät, elämäntapavalinnat ovat yksi yleisimmistä syistä keskenmenoon. Itse asiassa eri ryhmillä on suuresti erilainen keskenmeno, mikä voi antaa äidille väärän arvion hänen riskistään. Jos vanhemmat ovat huolissaan keskenmenon mahdollisuudesta, lääkärin kuuleminen voi yleensä antaa kohtuullisen arvion turvallisuudesta.