Vuonna 2005 Kansasin osavaltion opetuslautakunta päätti vaatia, että julkisiin kouluihin sisällytetään ”älykkään suunnittelun” teoria toteuttamiskelpoisena vaihtoehtona darwinilaiselle evoluutioteorialle. Tämä päätös sai fysiikan jatko -opiskelijan Bobby Hendersonin laatimaan hieman satiirisen vastalauseen. Henderson väitti, että mitään oikeutettua ”älykkään suunnittelun” teoriaa ei voida esittää tieteellisenä tosiseikkana tunnustamatta Jumalaa, mikä rikkoisi uskonnon ja tieteen erottamista julkisissa kouluissa. Hän esitti argumentin, jossa kaikkivoimainen lentävä spagettihirviö voitaisiin loogisesti hyvittää tunnetun maailmankaikkeuden luomiseksi.
Tästä kirjeestä tuli periaate parodiauskonnolle, joka tunnetaan nimellä Lentävän spagettihirviön kirkko. “Uskon” kannattajat väittävät “Spaghedeity”, lentävä spagettihirviö, itse asiassa käyttänyt Noodly Appendageansa ja muita voimiaan luodakseen kaiken planeetalla runsaan juomisen jälkeen. Jos tiedemiehen sattuisi käyttämään tekniikoita, kuten hiili-14-dating, tämän teorian kumoamiseksi, näkymätön hirviö vääristää aktiivisesti tuloksia hänen hyväkseen.
Henderson loi edelleen suurelta osin satiirisen ”pyhän tekstin”, joka hahmotti edelleen lentävän spagettihirviön kirkon periaatteita. Monet näistä periaatteista perustuvat löyhästi juutalaiskristillisiin kirjoituksiin, kuten kymmeneen käskyyn, tai ehdottavat niitä. Esimerkiksi Hendersonin versio käskyistä on muotoiltu esimerkiksi ”Kahdeksaksi, jonka et todellakaan tiennyt”. Kirkon kannattajat kutsuvat itseään pastafarialaisiksi, näytelmäksi jamaikalaisesta uskonnosta rastafarianismia.
Vaikka monet lentävän spagettihirviön kirkon teksteistä ja uskomuksista ovat vähän enemmän kuin harjoituksia college -satiirissa, liikkeen taustalla on jokin kohta. Älykkään suunnittelun teoriaa on hyvin vaikea selittää puhtaasti tieteellisellä tasolla, koska teoria johtaa väistämättä kysymyksiin luomisesta vastuussa olevasta ”älykkäästä suunnittelijasta”. Vaikka vakiintuneempi teoria biologisesta evoluutiosta käyttää tiukkoja tieteellisiä tietoja todistaakseen asiansa, älykkään suunnittelun teoria on usein esteenä ilman uskonnollisten todisteiden lisäämistä. Henderson käytti teoreettista lentävää spagettihirviötä huomauttaakseen vaikeudesta esittää suurelta osin uskoon perustuva kreationistinen teoria tieteellisessä ympäristössä.
Lentävän spagettihirviön kirkkoa voitaisiin parhaiten kuvata parodiauskonnoksi “Bob” Dobbsin Subgenius-kirkon tai anti-uskonnon tavalla, joka muistuttaa hieman skientologiaa tai tieteellistä agnostismia. Se on edelleen suosittu monilla korkeakoulujen kampuksilla, erityisesti niille, jotka tuntevat olevansa vailla uskoa uskontoihin tai jotka ovat kiinnostuneita kulttuurien vastaisista elämäntavoista yleensä. Lentävän spagettihirviön kirkolla on oma verkkosivusto, ja sen kirjallisuutta on saatavana monista kirjakaupoista ja kirjastoista.