Sisämoottori on moottori, jossa on vain pieni osa käyttöakselista yhdessä potkurin kanssa veden alla. Tyypillisesti tällaisissa tapauksissa sisämoottorin päämoottori sijaitsee veneen sisällä, yleensä lähellä keskustaa, etenkin pienemmissä veneissä. Sisävenemoottoreilla on joitain etuja ja haittoja veden risteilyssä.
Useimmissa tapauksissa sisämoottoreita suositellaan vesihiihtoon ja ehkä yleiseen risteilyyn. Tyypillisesti ne vievät vähemmän aikaa saavuttaakseen tason eivätkä aiheuta keulan nousua niin paljon kuin perämoottori saavuttaessaan kyseisen tason. Tämä sopii erinomaisesti myös veneilijöille, jotka ovat huolissaan niistä muutamista sekunneista, jolloin he eivät ehkä pysty näkemään suoraan edessään olevaa. Sisämoottori mahdollistaa tämän, koska se ei tuhlaa niin paljon energiaa veneen etuosan nostamiseen.
Lisäksi sisämoottori on suosittu hiihtäjien keskuudessa, koska se pitää veneen enemmän kosketuksessa veden kanssa. Tämä voi helpottaa heräämistä ja tasaisempaa hiihtoa. Jotkut hiihtäjät saattavat kuitenkin pitää parempana haasteita, jotka liittyvät suurempiin herätyksiin, ja mieluummin niitä aktiviteetteihin, kuten heräämiseen.
Sisämoottorilla kuitenkin luoputaan jostain. Se, että se on niin paljon kosketuksessa veden kanssa, ainakin verrattuna perämoottoreihin, tarkoittaa, että veneet kokevat huomattavasti enemmän vastusta. Tämä voi hidastaa venettä verrattuna vastaavan hevosvoiman perämoottoreihin. Siksi sisämoottori ei ehkä ole paras valinta, kun nopeus on tärkeä näkökohta.
Tämä on vain yksi syy siihen, miksi turnauskalastaja, kuten basson tai muiden riistalajien perään menevät, suosii perämoottoreita. Sisämoottoriveneellä on myös rajallinen kyky kallistaa käyttöakselia ylöspäin päästäkseen matalammille vesille, joissa kaloja joskus on. Tätä verrataan perämoottoreihin, jotka voidaan yleensä nostaa kokonaan tai melkein kokonaan vedestä päästäkseen tällaisille alueille.
Jotkut väittävät, että sisämoottorit kestävät yleensä pidempään kuin perämoottorit. Tämä voidaan kuitenkin selittää pois henkilökohtaisina mieltymyksinä tai tuurina. Kaksitahtimoottorit kuluvat yleensä nopeammin kuin nelitahtimoottorit, ja sisämoottorit ovat pääasiassa nelitahtimoottoreita. Nykyaikaiset perämoottorit ovat kuitenkin myös lähes kaikki nelitahtiset, joten tämä ero ei enää päde ainakaan uudempiin malleihin. Sisämoottori maksaa myös hieman enemmän kuin vastaava perämoottori, mikä saattaa antaa joidenkin käsityksen, että laatu on vain hieman parempi.