Piirilevyn asettelun ja suunnittelun määrittäminen voi olla vaikeaa, mutta oikea piirilevyn suunnitteluohjelma voi helpottaa tehtävää. Useimmat piirilevyt on valmistettu eri osista, joten suuri osakirjasto voi tehdä piirilevyn suunnitteluohjelmasta hyödyllisemmän. Tietoa on usein lisättävä, jotta levy toimisi, ja tuontifunktiolla varustetun suunnitteluohjelman hankkiminen voi nopeuttaa tuotantoa. Useiden kerrosten piirilevyn tekeminen antaa suunnittelijoille usein mahdollisuuden tehdä levystä turvallisempi ja tehokkaampi, ja jokaisessa suunnitteluohjelmassa on erilainen enimmäiskerrosten määrä. Ohjelma, joka tarjoaa helpon jäljityksen, voi estää suunnittelijoita tekemästä suuria jäljitysvirheitä.
Piirilevyt on valmistettu monista eri osista, ja yhteen tarpeeseen sopivat osat eivät välttämättä sovi toisiin. Jotta suunnittelijat voisivat valmistaa piirilevyjä mihin tahansa tarkoitukseen, piirilevyjen suunnitteluohjelman tulee sisältää suuri osakirjasto. Tämän avulla käyttäjät voivat valita olemassa olevia levyosia, jotta massatuotanto olisi helpompaa. Suunnitteluohjelma, jossa on myös päivitettävä osaluettelo, helpottaa käyttäjien uusien komponenttien käyttöönottoa.
Vaikka piirilevyn osat ovat yleensä tärkein huolenaihe, itse levy ei useinkaan toimi ilman asianmukaista ohjelmointia. Ohjelmointi voidaan lisätä jokaiseen piirilevyyn erikseen tuotannon jälkeen, mikä voi toimia pienen määrän levyjen kanssa, mutta se ei todennäköisesti toimi yhtä hyvin massatuotettujen levyjen kanssa. Tämän helpottamiseksi piirilevyn suunnitteluohjelmassa tulisi olla tietojen maahantuoja, jonka avulla käyttäjät voivat lisätä ohjelmoinnin ennen tuotantoa.
Useimmat piirilevyt ovat vähintään kahden kerroksen paksuisia – yksi kerros osille ja toinen turvallisuuden vuoksi. Vaikka tämä on mahdollista, useimmat piirilevyt vaativat enemmän kerroksia, joten voidaan käyttää enemmän osia, mikä vahvistaa yksiköitä. Jokaisella piirilevyn suunnitteluohjelmalla on vaihteleva määrä enimmäiskerroksia, ja käyttäjien on valittava ohjelma, jossa on tarpeeksi kerroksia asianmukaiseen suunnitteluun.
Piirilevyn jäljittäminen on tärkeä askel sen varmistamisessa, että levy toimii tuotannon jälkeen, koska jos jäljitystä ei suoriteta, levy joko ei toimi tai toimii vain osittain. Helppo jäljitysominaisuus näyttää käyttäjille, mitä osia on vielä jäljitettävä, joten he eivät unohda mitään osaa. Vaikka tämä ei ole välttämätön ominaisuus, tätä tarjoava piirilevyn suunnitteluohjelma voi estää käyttäjiä tekemästä kalliita virheitä.