Älypuhelimen virustorjuntaohjelmisto voi tarjota lisäsuojausta haittaohjelmia vastaan, jotka on suunniteltu hyökkäämään mobiilikäyttöjärjestelmiin. Näitä käyttöjärjestelmiä pidettiin aikoinaan suhteellisen turvallisina haitallisilta hyökkäyksiltä, mutta ne voivat olla yhtä haavoittuvia kuin muut tietokonelaitteet. Useimmat älypuhelimien virustorjuntaohjelmistopaketit suojaavat viruksilta, troijalaisilta ja muun tyyppisiltä haittaohjelmilta, mutta jotkin tarjoavat myös lisävarkaussuojauksia, kuten SIM-kortin lukituksen. Älypuhelimet ovat alttiita erilaisille haittaohjelmille näiden laitteiden tarjoamien arjen sähköposti- ja Internet-yhteyksien vuoksi, mutta ne voivat myös saada tartunnan asentamalla haittaohjelmia, jotka on naamioitu hyödyllisiksi ohjelmistoiksi.
Virustorjuntaohjelmisto on ollut saatavilla älypuhelimille niin kauan kuin laitteita on ollut olemassa, vaikka ensimmäiset suuret virusepidemiat ilmenivät vasta 2010. Tuolloin useat suositut mobiilikäyttöjärjestelmät joutuivat haittaohjelmien kohteeksi. Nämä laitteet sisältävät usein arvokasta tietoa, kuten salasanoja, luottokorttitietoja ja sähköposteja, jotka tietokonerikolliset kohdistavat. Älypuhelimen virustentorjuntaohjelmisto ei voi suojata jokaiselta hyökkäykseltä, mutta se voi luoda kaivattua suojausta laitteille, joita käytetään yleisesti Internetiin pääsyyn tai sovellusten lataamiseen.
Joissakin älypuhelimissa on sisäänrakennettu suojaus ulkopuolisia hyökkäyksiä vastaan, jotka hallitsevat tarkasti, mitkä ohjelmat voivat käyttää eri toimintoja. Nämä toimenpiteet ovat usein riittäviä suojaamaan haitallisilta toimilta, vaikka laitteet, jotka on muutettu tehdasasetuksista jailbreakin, juurtuman tai mukautetun laiteohjelmiston asennuksen avulla, voivat menettää tämän suojan. Älypuhelimen virustentorjuntaohjelmiston asentaminen laitteisiin, joita on merkittävästi muutettu, voi olla erityisen tärkeää, mutta jopa kaikki tehdasasetukset säilyttäneet puhelimet ovat osoittautuneet alttiiksi tietyille hyökkäyksille.
Virustorjuntaohjelmistopaketit ottavat tyypillisesti aktiivisemman asenteen ei-toivottua tunkeutumista vastaan kuin toimenpiteet, joita jotkut matkapuhelimet toteuttavat oletusarvoisesti. Nämä älypuhelimen virustorjuntaohjelmat voivat tarkistaa ladatut sovellukset ja sähköpostin liitteet haitallisen sisällön varalta, tunnistaa vaaralliset verkkosivustot ja valvoa järjestelmää epäilyttävän toiminnan varalta. Säännölliset päivitykset erilaisiin uudentyyppisiin haittaohjelmiin, mukaan lukien mahdollisesti vaaralliset infektiot, kuten rootkit-ohjelmat ja tiedon louhinnat, sisältyvät yleensä jatkuvaan suojaukseen.
Perussuojauksen lisäksi jotkin älypuhelimien virustorjuntaohjelmistopaketit sisältävät myös fyysistä turvallisuutta tarjoavia toimintoja. SIM-kortin lukko voi estää varasta käyttämästä varastettua puhelinta, ja etäpyyhkimisominaisuuden avulla voidaan tuhota arvokasta tietoa ja estää luvattoman pääsyn niihin. Jotkin ohjelmistopaketit sisältävät myös vara-SIM-kortin, jolla voidaan siirtää säännöllisesti tärkeitä tietoja, jotta niitä ei voi kadota puhelimen mukana.