Joskus kaiutinjärjestelmien mukana tulee subwoofer, joka tuottaa matalataajuisia ääniä. Jotta järjestelmä kuulostaisi oikein, on usein tarpeen säätää erilaisia asetuksia ja laittaa komponentit oikeaan paikkaan. Äänijärjestelmän johdotuksen järjestäminen on usein toinen haaste. Subwooferin johdotus voidaan järjestää useilla tavoilla, esimerkiksi piilottamalla se lattian alle, kattoon tai kaapelijohdon sisään. Kaiuttimet voidaan myös sijoittaa seinään, mutta joskus on vaihtoehtoja laitteille, jotka eivät käytä johtoja lainkaan.
Subwooferin johdotukseen on usein tarjolla erilaisia tapoja. Vasen ja oikea äänikanava voidaan kytkeä pääkaiuttimien ja subwooferin takaosassa oleviin tarkoituksiin. Tätä menetelmää käytettäessä johdot on liitettävä jokaisen laitteen oikeisiin tulo- ja lähtöliittimiin. Toinen subwooferin kytkentävinkki on liittää se kotiteatterijärjestelmän audiovisuaalisiin vahvistimiin. Vahvistinta voidaan käyttää myös subwooferin ohjaamiseen, koska siinä on yleensä sopivat äänisuodatinjärjestelmät.
Subwoofer voidaan kytkeä myös stereoesivahvistimiin, joista lähtöliitäntään on usein kytketty Y-kaapeli. Jokainen lähtöliitin menee tyypillisesti sekä vahvistimeen että kaiuttimeen. Äänijärjestelmä voidaan usein asentaa millä tahansa menetelmällä, mutta joskus tarvitaan kokeiluja, jotta voidaan päättää paras tapa kytkeä järjestelmä.
Kun komponentteja lisätään kotona, kotiviihdejärjestelmään lisätään yleensä enemmän johtoja. Yksi vinkki tämän käsittelemiseksi voi olla langan asettaminen maton alle huoneen reunojen ympärille. Jos käytetään litteitä kaapeleita, ne voidaan joskus ajaa maton keskikohdan läpi. Johdot voidaan käyttää myös jalkalistojen alla, missä ne ovat yleensä näkymättömiä, eikä kukaan voi vahingossa kompastua niihin.
Subwooferin johdot voidaan piilottaa alakattojen sisään tai sijoittaa kaiuttimien taakse, jotka ovat seinän alkovissa. Muoviputket, joita kutsutaan kaapeliverkkoiksi, voivat pitää kaikki johdot samalla reitillä ja sijoittaa kattoon ennen kuin se suljetaan. On myös langattomia kaiuttimia ja subwoofereita, yleensä kalliimpia kuin langalliset, mutta vältä subwooferin johdotuksen tarvetta kokonaan. Auton äänijärjestelmän johdotus on samanlainen, mutta se voi myös riippua siitä, käytetäänkö yksittäis- vai kaksoiskelaa ja miten oikeat liittimet ja kaapelit on sovitettu yhteen.