Vetypolttoaineiden suurin etu on pienempi riippuvuus fossiilisista polttoaineista. Tämä voi tarjota useita ympäristöhyötyjä sekä paikallisia etuja joillekin maille. Koska vedykäyttöiset autot eivät polta fossiilisia polttoaineita, rajalliset resurssit voidaan ohjata muihin käyttötarkoituksiin. Vetyllä toimivien autojen laaja käyttö voi myös vähentää saastumista, koska nämä ajoneuvot tuottavat vain lämpöä ja vettä sivutuotteina. Myös maat, jotka ovat erittäin riippuvaisia ulkomaisista öljylähteistä, voivat hyötyä näistä ajoneuvoista, koska ne voivat vähentää ulkomaista riippuvuutta öljystä.
Vety on maailmankaikkeuden yleisin elementti, ja sitä voidaan saada monella eri tavalla. Suurin osa käytettävissä olevista vedyn lähteistä sisältää elementin sitoutumisen monimutkaisempiin aineisiin. Joitakin näistä lähteistä, kuten vettä, on runsaasti. Muut vedyn lähteet, kuten maakaasu, ovat uusiutumattomia luonnonvaroja. Kun vetyä uutetaan uusiutumattomista luonnonvaroista, monet mahdollisista eduista mitätöidään enemmän tai vähemmän.
Suurin haaste vetykäyttöisten autojen koko potentiaalin hyödyntämisessä on polttoaineen lähteen talteenotto puhtaalla, uusiutuvalla tavalla. Samalla tavalla kuin sähköajoneuvot ovat saastumisen lähde, jos niille ladataan sähköä hiilivoimalaitoksesta, samasta sähköstä uutettu vety voi myös aiheuttaa saastumista. Jotta vetyä voidaan pitää todella saasteettomana, se on uutettava muista lähteistä kuin maakaasusta, ja prosessin suorittamiseen käytettävän sähkön olisi myös oltava uusiutuvaa. Jos nämä tavoitteet saavutetaan, vedykäyttöiset autot voivat tarjota suhteellisen puhtaan ja saastuttamattoman kuljetusmuodon.
Prosessin sivutuotteet, joita vetypolttokenno käyttää sähkön tuottamiseen, ovat tyypillisesti lämpöä ja vettä. Tämä on toisin kuin bensiinikäyttöinen polttomoottori, joka tyypillisesti päästää hiilidioksidia, hiilimonoksidia ja erilaisia hiukkasia, joilla voi olla haitallisia vaikutuksia ympäristöön ja ihmisten terveyteen. Päästöjen ero näiden kahden ajoneuvotyypin välillä voi hyödyttää sekä ihmisten terveyttä että ympäristöä.
Jotkut maat voivat hyötyä myös vedykäyttöisistä autoista, koska tämä vaihtoehtoinen polttoaineen lähde voisi vähentää niiden riippuvuutta ulkomaisesta öljystä. Tässä tapauksessa vedyn lähteellä ja sen tuottamiseen käytetyllä sähköllä ei ehkä ole merkitystä pilaantumisen kannalta. Tärkeämpi tekijä on se, mistä vety tulee, koska paikalliset lähteet maassa voivat sallia tuon kansakunnan tuoda vähemmän fossiilisia polttoaineita.