Biodiesel on öljypohjaisen dieselin kaltainen aine, paitsi että se on valmistettu kasviperäisistä lähteistä, kuten mikrolevistä ja kookospähkinöistä öljyn sijasta. Vaikka biodieseliä voi esiintyä luonnollisesti tietyissä olosuhteissa, nämä olosuhteet ovat harvinaisia ja voivat kestää vuosia. Biodieselreaktori lyhentää aikaa ja tekee prosessista puoliautomaattisen tai täysin automatisoidun, jotta voidaan luoda kaupallisia määriä biodieseliä. Biodieselreaktoriyksiköitä on kahta päätyyppiä: leikkaus ja ultraääni. Molemmat käsittelevät biodieseliä eri tavoin, mutta molemmat johtavat suurten määrien biodieselin syntymiseen ilman reaktorikäyttäjän työtä.
Kaikki biodieseli alkaa kasvipohjaisesta raaka-aineesta. Joitakin raaka -aineita ovat mikrolevät, kookospähkinät ja käytetyt tai neitsyt kasviöljyt. Tämän jälkeen biodieselreaktori toimii raaka -aineessa aiheuttaen kemiallisen reaktion, jota kutsutaan transesteröimiseksi. Tässä prosessissa raaka -aine jaetaan kahteen aineeseen: glyseriini ja metyyliesterit.
Glyseriini on prosessin sivutuote ja makea alkoholi. Tuotannon jälkeen muut teollisuudenalat käyttävät yleensä glyseriiniä kosteusvoiteiden tai saippuoiden luomiseen, joten glyseriiniä ei tuhlata tai heittää pois. Toinen aine, metyyliesteri, on biodieselin kemiallinen nimi. Tässä vaiheessa biodieseliä jalostetaan edelleen muiden biopolttoaineiden tuottamiseksi, sekoitettuna öljy -dieseliin, jotta saadaan aikaan dieselseos, joka tarjoaa sekä kestävyyttä että käytettävyyttä kylmissä lämpötiloissa, tai sitä käytetään välittömästi ilman sekoitusta tai lisäkäsittelyä.
Ultraääni -biodieselreaktori käyttää ultraääniaaltoja biodieselin raaka -aineen kuplaksi. Kuplat syntyvät ja romahtavat ultraääniaaltojen vuoksi, aiheuttaen lämmön ja paineen reaktion, joka tekee raaka -aineesta uudelleenesteroidun. Ultraääni -biodieselreaktoria käytetään yleensä suuriin tai kaupallisiin tarpeisiin, koska näillä yksiköillä on vaikea luoda pienempiä määriä biodieseliä. Nämä yksiköt vaativat myös vähemmän työtä käyttäjiltä ja toimivat nopeammin kuin leikkausreaktorit.
Leikkaavaa biodieselreaktoria käytetään laboratorioissa, jotka tarvitsevat pieniä määriä biodieseliä testaukseen, ja pätevä henkilö voi käyttää sitä kotona, ja se voidaan myös nostaa kaupalliseen käyttöön. Nämä yksiköt käyttävät lämpöä ja pienentävät biodieselin raaka -aineen pisarakokoa aiheuttamaan transesteröinnin. Biodieselin valmistus kestää yleensä 30 minuutista neljään tuntiin yksiköstä riippuen. Nämä yksiköt vaativat käyttäjiltä enemmän työtä, mutta itse yksikkö on monipuolisempi erilaisten saantojen luomisessa ja toimii paremmin kiinteiden raaka -aineiden kanssa kuin ultraääni -biodieselreaktoriyksiköt.