Vertailumikroskooppi koostuu kahdesta erillisestä mikroskoopista, jotka on yhdistetty toisiinsa, ja sitä käytetään kahden kohteen tai näytteen vertaamiseen. Laitetyypin, nimeltään optinen silta, avulla käyttäjä voi tarkastella molempia näytteitä samanaikaisesti. Tämäntyyppinen mikroskooppi on tärkeä lainvalvonnassa – rikosteknisten tutkimusten ja ballististen analyysien aloilla. Sen avulla voidaan verrata luoteja ja luodinpaloja sekä muita rikosteknisiä todisteita keskenään, joita voidaan käyttää todistamaan syyllisyytesi tai vapauttamaan epäilty joistakin rikoksista.
Mikroskooppi on yksi ihmiskunnan historian tärkeimmistä keksinnöistä. Se on mahdollistanut monien tieteiden etenemisen ja mullistanut monia ajatuksiamme lähes jokaisesta fysiikasta ja jopa edistänyt uusien tieteiden luomista. Ajatus kahden mikroskoopin yhdistämisestä kahden näytteen tutkimiseksi kerralla oli vain jatkoa jo hyvin kehitetylle tekniikalle, jota käytettiin vakiomikroskooppien rakentamiseen. Varhaisen vertailumikroskoopin optinen silta oli vain kaksi peiliparia, yksi kullekin mikroskoopille, jotka ohjasivat yksittäiset kuvat yhteen katseluohjelmaan ja tuottivat vierekkäisen kuvan molemmista näytteistä yhdessä kuvassa.
Tämän uuden tyyppisen mikroskoopin keksiminen johti monien tieteellisten tieteenalojen, etenkin ballististen ja rikosteknisten tutkimusten, etenemiseen. Mahdollisuus tutkia ja vertailla kahta näytettä vierekkäin mahdollisti positiivisen määrittelyn siitä, oliko kaksi luodia ammuttu yhdestä aseesta vai eri aseista. Käyttämällä koepoltettua luodia kontrollina se mahdollisti myös sen, onko tietty luoti ammuttu tietystä aseesta vai ei.
Monet muut käyttötarkoitukset vertailumikroskoopille rikostekniikassa seurasivat sen keksintöä. Lähes mistä tahansa materiaalista otettuja näytteitä voidaan verrata siirto- tai jäljitysnäyttöjen luomiseen. Hiustenäytteitä ja sormenjälkiä voidaan myös verrata tällä tavalla. Käsinkirjoitusnäytteitä ja biologisia näytteitä, kuten bakteereja ja leviä, voidaan myös verrata. Työkalumerkkejä voidaan verrata tunnistamaan, mitä työkaluja objektissa käytettiin, tai vastaamaan viitetyökalua rikoksessa käytetyn työkalun kanssa.
Nykyaikaiset tekniikat ovat tehneet monia parannuksia perusvertailumikroskooppiin. Tietokoneet ja kuituoptiikka mahdollistavat kuvien näyttämisen näytöissä tai projektioissa ja päällekkäin. Monet vaihtoehdot, kuten valaistus, suurennusasteet ja mahdollisuus ottaa valokuvia näytteiden vertailusta, voivat olla käytettävissä vertailumikroskoopissa.