Stereomikroskoopit tunnetaan myös nimellä stereomikroskoopit, tarkastusmikroskoopit ja dissektiomikroskoopit. Ne näyttävät samanlaisilta kuin binokulaariset yhdistemikroskoopit, mutta niillä on olennainen ero. Kiikariyhdistelmämikroskoopilla on yksi objektiivi ja vastaavat okulaarit. Prismaa käytetään jakamaan valonsäde objektiivin muodostamasta kuvasta jokaiseen silmään. Tämä ei ole sama kuin stereomikroskooppi, vaikka siinä on kaksi okulaaria.
Keskeinen ero binokulaarisen yhdistemikroskoopin ja stereomikroskoopin välillä on se, että stereomikroskoopilla on paitsi kaksi okulaaria myös kaksi tavoitetta. Tämän vuoksi katsoja, joka käyttää stereomikroskooppia, tarkastelee kohdetta kahdesta hieman eri kulmasta, jolloin objekti näkyy kolmiulotteisena. Kuitenkin kaksi erityyppistä stereomikroskooppia – kiinteä ja zoomaus – tarjoavat edelleen vaihtelua suurennuksessa ja sen muuttamisessa. Usein stereomikroskoopilla on pienempi teho kuin yhdistelmämikroskoopilla. Riippumatta siitä, onko niissä kiinteä vai zoom -suurennos, ne ovat yleensä alle 100 -kertaisen suurennuksen. On kuitenkin olemassa eräänlainen stereomikroskooppi, jolla on modulaarinen rakenne, jonka avulla käyttäjä voi koota jalustan, valaistuslaitteen, objektiivit ja okulaarit tarpeen mukaan.
Stereomikroskooppien ja yhdistelmämikroskooppien välillä on myös muita tärkeitä eroja. Stereomikroskooppi tarjoaa katsojalle pystysuoran ja sivusuunnassa oikean kuvan toisin kuin ylösalaisin ja taaksepäin kuva, jonka yhdistelmämikroskooppi tarjoaa. Stereomikroskoopilla on myös useimmissa tapauksissa suurempi etäisyys lavan ja kohteen välillä, joten näytettä voidaan käsitellä tai leikata sen katselun aikana. Lisäksi flex-arm-järjestelmä luo erityyppisen stereomikroskoopin: sellaisen, jossa lava on mikä tahansa haluamasi pinta ja paljon enemmän työskentelyaluetta on käytettävissä. Tässä järjestelmässä stereomikroskoopin pohja puuttuu, ja yläosa, jossa on okulaareja ja objektiiveja, on asennettu taipuisaan varteen, joka voidaan nostaa 2.5 metrin korkeuteen. Mukautettuja järjestelmiä voidaan myös suunnitella siten, että stereomikroskoopin pää on kiinnitetty puomin jalustaan.
Toinen ero stereomikroskooppien tyypeissä on niiden käyttämä valaistus-esimerkiksi LED-rengasvalo, loisteputki tai kuituoptiikka, riippumatta siitä, onko niissä digitaalikamera ja/tai videotoiminto ja onko niissä videomonitori. Erilaisia stereomikroskooppeja on tehty käyttäjille lapsista ammattilaisiin. Hinnat vaihtelevat alle 100 dollarista (USD) vähintään 14,000 125 dollariin-tämä koskee Leica M8 -kolmiokulmaista zoom-stereomikroskooppia, jossa on ergonominen kallistettu pää, kirkkaan kentän/tumman kentän kuituoptinen läpäisevä valopohja ja 100-kertainen zoomausalue XNUMXx.