Ympäristöbioteknologia on tieteen ja tekniikan ala, joka hyödyntää orgaanisia ja eläviä järjestelmiä ympäristöjätteen puhdistamiseen, pilaantumisen ehkäisemiseen kehittämällä vihreää teknologiaa ja parantaa teollisia prosesseja, kuten biomuovien ja biopolttoaineiden valmistuksessa entsymaattisten toimien avulla. Ympäristötieteen ja -teknologian ala on yhä laajempi, kun teollisuudenalat etsivät tehokkaampia ja vähemmän saastuttavia tuotantomenetelmiä hallituksen määräysten mukaisesti. Yksi tärkeimmistä ympäristöbioteknologian aloista vuodesta 2011 lähtien on vanhan teollisen pilaantumisen, kuten maaperän tai pohjaveden myrkyllisen metallisaasteen, korjaaminen. Hyödyllistä kaupallista kehitystä ovat biominointi, biopolttoaine ja biomuovien tuotanto sekä jätevesivirtojen mikrobien käsittely.
Monilla nykyaikaisilla kansakunnilla on ympäristön biotekniikan tutkimuskeskuksia, jotka ovat sekä julkisesti että yksityisesti rahoitettuja ympäristötieteellisen teknologian edistämiseksi. Esimerkkejä näistä ovat Australian ympäristön bioteknologian osuuskunnan tutkimuskeskus (EBCRC) Australiassa, joka keskittyy teollisen pilaantumisen hallintaan, ja Yhdysvaltojen ympäristön biotekniikan keskus (CEB), joka tutkii hydrologisia ja mikrobijärjestelmiä, kun ne liittyvät ilmastonmuutokseen ja ympäristön kunnostaminen biologisilla prosesseilla. Vaikka suurin osa tästä tutkimuksesta liittyy perinteisesti mikrobiologian ja maataloustutkimuksen biotieteisiin, kemian tekniikalla on myös yhä tärkeämpi rooli alalla. Tämä johtuu siitä, että monien synteettisten teollisuusyhdisteiden tiedetään olevan ksenobioottisia, jotka kerääntyvät ekosysteemeihin ja eläviin organismeihin, koska ne eivät helposti hajoa ajan kuluessa.
Yksi merkittävimmistä ympäristöteknologiaratkaisuista, joita ympäristön biotekniikan tutkimus ja kehitys tarjoaa, on jätteisiin perustuvien raaka-aineiden tuotanto. Raaka -aineet ovat yhden teollisen prosessin tuottamia hyödyttömiä materiaaleja, jotka voivat löytää lisäarvoa toisessa prosessissa sen sijaan, että ne olisivat ympäristön saastuttavia ja jätetuotteita sekä materiaali- että energiakustannuksissa. Raaka -ainejärjestelmien kehittämistä on tutkittu voimakkaimmin etanolipolttoaineiden tuotannossa ja paperiteollisuudessa syntyvien sivutuotteiden avulla. Paperintuotannosta peräisin olevaa puumassaa ja kuorijätettä voidaan käyttää biopolttoaineiden käymiseen sekä sellaisia materiaaleja kuin kaupallisten ravintolaketjujen kasviöljyjäte (WVO), kuntien vihreät jätteet ja sokeriruo’on ja juurikkaiden tuotannon kasvijätteet.
Muita raaka -aineita ovat maissilämmitin, maissijätteen sivutuote, jota voidaan käyttää etanolin luomiseen, ja soijapavut, soijaöljytuotannon sivutuote, jota voidaan käyttää biodieselin tuottamiseen. Ympäristöbiotekniikka pyrkii myös hyödyntämään resursseja ja maata, joilla ei ole suoraan arvoa elintarviketuotannossa. Tähän kuuluu sellaisten kasvien viljely, jotka kasvavat hyvin suolaisen veden kastelulla rannikko- tai aavikkoalueilla, joilla tyypilliset ruokakasvit eivät voi selviytyä. Halofyytit, mukaan lukien Salicornia bigelovii, joka on kääpiösuolalajia, ovat esimerkkejä kasveista, jotka tuottavat biopolttoaineita, jotka ovat verrattavissa soijapavuista ja muista öljykasvipohjaisista jyvistä.