”Perus” selkärankaisella tarkoitetaan selkärankaisen sukupuun juurella olevaa selkärankaista, joko yhtä niistä selkärankaisista, joista kaikki muut ovat kehittyneet, tai sen läheistä serkkua. Jotkut perus selkärankaiset ovat varsiryhmän selkärankaisia, mikä tarkoittaa, että ne ovat vanhempia kuin kaikkien elävien selkärankaislajien varhaisin yhteinen esi -isä.
Selkärankaiset, kuten kaikki muutkin eläimet, ovat erittäin vanhoja. Ensimmäinen selkärankaisten perusfossiili on todennäköisesti Yunnanozoon lividum, joka eli 530 miljoonaa vuotta sitten nykyisessä Kiinassa, vaikka jotkut tutkijat ovat eri mieltä, kutsuen lajia hemikordaatiksi eikä todelliseksi sointuksi (selkärankainen). Toinen perus selkärankainen, Pikaia gracilens, muistuttaa modernia lansettia. Kolmas perus selkärankainen, Myllokunmingia, on alkukantainen kala ja yksi varhaisimmista selkärankaisista. Artikkelista, verkkosivusta tai paperista riippuen kutakin kutsutaan joskus vanhimmaksi selkärankaiseksi.
On mysteeri siitä, miten perus selkärankaiset alun perin kehittyivät. On yleinen yksimielisyys siitä, että selkäranka on hyödyllinen uidessa, antaa lihaksille jotain vastusta, mikä tuottaa tyylikkään “S” -muotoisen liikkeen, jonka yhdistämme yleisesti kaloihin. Ensimmäinen selkärankainen saattoi olla sedimentissä asuva eläin, joka kehitti litteämmän rungon uimiseen, jonkinlainen liikkuva toukka, joka alkoi säilyttää toukka-ominaisuutensa aikuisuuteen, tai paikallaan oleva suodatin-syöttölaite, joka kehittyi vapaasti uivaksi eläimeksi. Emme tiedä varmasti, koska fossiilinen ennätys on kaukana täydellisestä.
Molekyylitutkimusten mukaan vaippaeläimet, jotka tunnetaan myös nimellä meriruiskut, ovat selkärankaisten lähimpiä eläviä sukulaisia. Satulaeläimiä pidetään sointuina, mutta ei varsinaisina selkärankaisina, koska heillä on notokordi niiden alkuvaiheessa. Muita selkärankaisten sukulaisia ovat hemikordaatit, joihin kuuluvat eläimet, kuten nuolimato, ja piikkinahkaiset, joihin kuuluu meritähtiä ja sukulaisia.
Olipa syy perusperä selkärankaisten kehityksen syy, heistä tuli suhteellisen pian erittäin menestyvä ryhmä. Paleozoikasta lähtien kalat, lukuisimmat selkärankaiset, ovat hallinneet suurelta osin merta. Kehittyville suurille ja hienostuneille maaeläimille selkäranka on välttämätön. Selkärangattomilla maaeläimillä, kuten etanoilla ja hyönteisillä, ei ole taipumusta kasvaa kovin suuriksi tai kehittyä paljon monimutkaisia aivoja.