Stromatoliitti on kertynyt massa mikro -organismeja, jotka ovat kasvaneet niin tiiviisti yhteen, että ne muodostavat maton. Stromatoliitit muodostuvat tyypillisesti kerroksittain luoden tyypillisen kerrostuneen ilmeen, ja ne ovat geologien keskuudessa erittäin kiinnostavia. Vielä 20 -luvulle asti ainoat todisteet stromatoliiteista olivat fossiilisessa muodossa, ja tutkijat olettivat, että nämä ainutlaatuiset biokalvot olivat sukupuuttoon kuolleita. Kuitenkin Shark Bayssä, Australiassa, löydettiin elävien stromatoliittien siirtomaa, joka järkytti tieteellistä maailmaa.
Tyypillisesti stromatoliitin mikro-organismit ovat sinileviä, jotka tunnetaan myös nimellä sinilevät. Asuminen pesäkkeen muodossa on erittäin edullista näille organismeille, ja lukuisia esimerkkejä samanlaisissa pesäkkeissä elävistä mikro -organismeista löytyy kaikkialta maailmasta. Yksittäisen stromatoliitin muodostuminen voi kestää tuhansia vuosia kerros kerrokselta, ja se voi esiintyä eri muodoissa; monet stromatoliitit näyttävät sarakkeilta, mutta ne voivat myös muodostua levyiksi, pyramideiksi ja renkaiksi, kuten jättimäiset epämuodostuneet munkit.
Sinilevät menestyvät siellä, missä muut organismit eivät voi selviytyä, ja jotkut tutkijat uskovat, että sinilevät ja stromatoliitit ovat todennäköisesti vastuussa nykyaikaisesta selviytymisilmasta. Nämä organismit tuottavat energiaa käyttämällä hiilidioksidia ja auringonvaloa, ja sivutuotteita ovat happi ja kalsiumkarbonaatti, joka tunnetaan myös nimellä kalkki. Valtavien määrien stromatoliittien esiintyminen maapallolla auttoi luultavasti täyttämään ilmakehän hapella, kun taas kalkin syntyminen varmisti, että ne fossiiloituvat ihmisten katseltavaksi tulevaisuudessa.
Nykyaikaisia eläviä stromatoliittipesäkkeitä esiintyy tyypillisesti alueilla, joilla on erittäin suolaista ja erittäin lämmintä vettä, jotka jäljittelevät olosuhteita, joissa stromatoliitit selvisivät esikambrian aikakaudella. Nämä bakteerimatot ovat erittäin hauraita, mikä voi selittää sen, miksi nykyaikaiset pesäkkeet on löydetty syrjäisiltä alueilta, kaukana ihmisten ja laiduntavien eläinten ulottuvilta, jotka voivat vahingoittaa niitä. Shark Bayn siirtomaa on nimetty maailmanperintökohteeksi sen ainutlaatuisuuden tunnustamiseksi.
Fossiilisessa muodossa stromatoliitilla on erottuva hilseilevä materiaalikerros, joka muodostuu usein kukkuloille ja hummockille. On myös tavallista, että kerrosten välistä löytyy erilaisia mineraaleja, jotka antavat vihjeitä niiden muodostumisesta ja olosuhteista. Monet kivettyneet stromatoliitit ovat varsin värikkäitä, ja niissä on rikkaita värejä himmeämpiä kerroksia, ja ne ovat suosittuja keräilyesineitä.