Ensisijainen ero vasta -aineen ja proteiinin välillä on se, että vaikka kaikki vasta -aineet ovat proteiineja, kaikki proteiinit eivät ole vasta -aineita. Proteiinit ovat yleinen suurten molekyylien luokka, joka toimii sekä rakenteellisena että toiminnallisena yksikönä kaikille maapallon eläville organismeille. Ne ovat myös 20 välttämättömän aminohappomolekyylin varasto kasveissa ja eläimissä, jotka ovat välttämättömiä ihmisten selviytymiselle, mutta joita ihmiskeho ei pysty valmistamaan yksin muista kemiallisista lähtöaineista. Vasta-aineet ovat erityinen Y-muotoinen proteiini, joka toimii osana immuunijärjestelmää ja joka sisältää erityisiä sitoutumisreseptorikohtia virusten ja bakteerien antigeenikohtiin, joista tällaiset organismit lisääntyvät. Kun vasta -aineita on läsnä huomattavia määriä, ne estävät virusten ja bakteerien lisääntymisen kehossa sitoutumalla antigeeneihin ja laukaisevat muita immuunivasteita terveyden varmistamiseksi.
Toinen keskeinen piirre sekä vasta -aineella että proteiinilla, joka on niiden toiminnalle tärkeä, on se, miten molekyylit taitetaan tai muotoillaan, koska tämä vaikuttaa niiden kykyyn sitoutua muihin molekyyleihin ja olla vuorovaikutuksessa suotuisasti soluympäristössä. Vaikka vasta -aineella ja proteiinilla voi olla erilaisia kemiallisia rakenteita, niiden taittoarkkitehtuuri voi joissakin tapauksissa olla samanlainen, mikä vaikuttaa suoraan niiden rooliin kerrallaan kehossa. Nykyiset tietokannat vuodesta 2011 ovat tunnistaneet vain rajoitetun määrän todellisia taittumalleja, joita luonnossa esiintyy, vaikka teoriassa voi olla miljoonia erilaisia yhdistelmiä. Arvioiden mukaan vasta -aineella ja proteiinilla on 1,233-1,393 -kertainen kuvio. Kaikki vasta-aineet saavat kuitenkin ainutlaatuisen Y-muodon, mutta Y: n yläosassa on spesifisiä aminohapporeseptorikohtia, joissa tämän alueen molemmat haarat voivat sitoutua kahteen erilliseen antigeeniin samanaikaisesti niiden poistamiseksi käytöstä.
Keskeinen ero vasta -aineen ja proteiinin välillä on myös alue, josta ne on valmistettu. Vaikka proteiinisynteesi on luonnollinen tulos yhdistettäessä aminohapposekvenssejä erityyppisissä soluissa deoksiribonukleiinihaposta (DNA), vasta -aineilla on rajoitetumpia tuotantomenetelmiä. Vasta-aineita kutsutaan usein immunoglobuliineiksi niiden sitoutumisroolin vuoksi immuunijärjestelmässä, ja näitä molekyylejä tuottavat yleensä vain luuytimessä sijaitsevat B-lymfosyytti- tai B-solurakenteet, jotka tunnetaan myös nimellä valkosolut tai plasmasolut.
Myös vasta -aineen ja proteiinin yleinen luokitus vaihtelee. Vaikka olemassa on vähintään 100 erityyppistä proteiinimolekyyliä ja ne palvelevat lukuisia molekyylitoimintoja moottorin aktiivisuuden helpottamisesta DNA -katalyysiin, vasta -aineet ovat joko monoklonaalisia tai polyklonaalisia. Monoklonaaliset vasta -aineet kykenevät sitoutumaan vain yhteen spesifiseen antigeeniin ja niitä muodostuu luonnollisesti kehossa vasteena vieraille hyökkääjille. Toisaalta polyklonaaliset vasta -aineet kerätään immunisoitujen eläinten verestä, ja ne voidaan suunnitella kiinnittymään monenlaisiin antigeeneihin.
Organismit luonnollisesti stimuloivat vasta -aineiden tuotantoa suojautuakseen infektioilta, mutta lääketiede on myös vahvasti mukana tutkimusvasta -aineiden luomisessa, ja nyt on olemassa suuria vasta -aineiden luetteloita, joissa laboratoriot voivat tilata vasta -aineita, joita he tarvitsevat tiettyihin tutkimuskohteisiin. Polyklonaalisten vasta -aineiden toimittajien lukumäärä maailmanlaajuisesti oli vähintään 180 yritystä vuodesta 2011, joista monilla on luetteloita yli 20,000 eri vasta -aineesta, joita on myynnissä ja toimitettavissa, mukaan lukien jotkut monoklonaaliset vasta -aineet.