Lähes kaikkeen tieteelliseen tutkimukseen liittyy riskejä, eikä nanotiede ole varmasti erilainen tässä suhteessa. Tämän alan riskit voivat kuitenkin kuulostaa pelottavammilta kuin muu tieteellinen tutkimus, koska ne kuulostavat usein enemmän tieteiskirjallisuudelta kuin tosiasialta. Tähän alaan useimmin liittyviä riskejä ovat hallitsemattomat nanokoneet, nanoaseet ja pahimmat, odottamattomat riskit. Nähtäväksi jää, onko jokin näistä riskeistä erittäin vakava.
Nanotiede on mikroskooppisten koneiden tutkimus, joista jokaisella on kyky suorittaa toimintoja solutasolla, molekyylitasolla tai jopa atomitasolla. Nanotiede luo nämä pienet koneet, joiden tarkoituksena on suorittaa toimintoja, jotka näyttävät melkein ihmeellisiltä tavanomaisilla menettelyillä. Nanokoneet voivat tehdä herkkiä leikkauksia, parantaa aiemmin pysäyttämättömiä sairauksia, muuttaa myrkylliset jätteet vaarattomiksi ja hyödyllisiksi materiaaleiksi ja rakentaa lähes mitä tahansa kuviteltavissa olevista perusmateriaaleista. Jos nanotiede saavuttaa täyden potentiaalinsa, se voi muuttaa maailman fantastisilla ja upeilla tavoilla.
Tietenkin, koska nanotieteellä on niin paljon potentiaalia tehdä paljon hyvää, sillä on yhtä paljon potentiaalia tehdä suurta haittaa. Eniten keskusteltu potentiaalinen riski on usein yksinkertaisesti nimeltään Grey Goo. Tämän alan ensisijainen tavoite on luoda mikroskooppisia nanokoneita, jotka voivat muuttaa asioita molekyyli- tai atomitasolla. Ihmisen kehon syöpäkudos voitaisiin muuttaa terveeksi kudokseksi tai ruosteinen työkalu voitaisiin valmistaa uudelleen terveeksi teräkseksi.
Pelätään, että hallitsemattomat nanokoneet voivat riehua ja tehdä ei -toivottuja muutoksia. Syövän parantamisen sijaan ne voivat muuttaa terveitä soluja syöpään. Rikkoutuneiden koneiden korjaamisen sijasta ne saattavat muuttaa kaiken ominaisuuksettomaksi, harmaaksi.
Toinen nanotieteen riski on se, että ihmiset voivat yrittää muuttaa nanokoneet aseiksi. Nämä pienet koneet voitaisiin tehdä tuhoamaan rakennuksia ja koneita, muuttamaan ruoka myrkkyksi, säteilyttämään vesivaroja, katkaisemaan sähkölinjoja tai yksinkertaisesti tappamaan ihmisiä. Mikään vakiopuolustus näitä nanoaseita vastaan ei olisi tehokas, joten nano-vastatoimia olisi kehitettävä. Nanotiede on liian vaarallista käännettäväksi tuhoisiin tarkoituksiin.
Ehkä vaarallisin nanotieteen riski on sellainen, jota ei vielä täysin ymmärretä. Koska tämä on niin uusi kenttä, saattaa ilmetä odottamattomia riskejä, joita ei ole vielä täysin tutkittu. On tärkeää, että maailma kohtelee tätä aluetta erittäin kunnioittavasti ja huolellisesti.