Mikroskooppi tuottaa tarkasti suurennetun kuvan, jotta tutkija voi nähdä asiat laajemmassa mittakaavassa. Se voi tai ei välttämättä kykene riittävään suurentumiseen, jotta tutkija voi tarkastella soluja. Mikroskoopit voidaan luokitella eri tavoilla: niiden tarkoituksen, rakenteen ja näytteiden havaitsemisen mukaan. Katseluvaihtoehtojen suhteen mikroskooppi voi olla monokulaarinen, binokulaarinen tai trinokulaarinen, eli siinä voi olla yksi, kaksi tai kolme okulaaria.
Trinokulaarinen mikroskooppi voi olla optinen, akustinen tai elektronimikroskooppi. Toisin sanoen se voi olla mikroskooppi, jossa näyte valaistaan näkyvällä valolla, äänellä tai elektronien hiukkaspalkilla. Lisäksi kolmas okulaari on ehkä lisätty binokulaariseen yhdistelmämikroskooppiin tai stereomikroskooppiin. Binokulaarinen yhdistelmämikroskooppi käyttää objektiivissa yhtä linssiryhmää, mutta siinä on pari okulaaria, joissa objektiivin muodostama kuvan valo on jaettu prisman avulla. Stereomikroskoopissa on kaksi okulaaria, mutta myös kaksi tavoitetta, joten tutkijan näkemys näyttää kolmiulotteiselta. Kummassakin tapauksessa käyttäjä, joka hyödyntää kolmatta linssiä yhdessä näistä kolmesta trinokulaarimikroskoopista, saa monokulaarisen näkymän.
Trinokulaarisella mikroskoopilla voi olla yksi useista tarkoituksista. Yksi tarkoitus on antaa toiselle katsojalle pääsy näytteeseen samaan aikaan kuin henkilö, joka käyttää pääasiassa mikroskooppia. Tämä tarkoittaa, että opettaja voi esimerkiksi katsoa mitä opiskelija näkee vastatakseen kysymykseen tai tarkistaakseen oppilaan havaintojen oikeellisuuden. Lisäksi ohjaaja voi kutsua oppilaan kertomaan näkemyksensä mielenkiintoisesta näytteestä tai mallinnettaessa esimerkiksi tarkennuksen säätämistä. Tämä laajentaa opetusmahdollisuuksia tilanteesta, jossa yksi henkilö ei saa katsoa, jotta toinen voi nähdä.
Toinen trinokulaarisen mikroskoopin tarkoitus on mahdollistaa tekniikan käyttö joko mikroskoopin läpi nähtyjen kuvien tallentamiseksi tallentamalla ne tai heijastamalla niitä. Ensimmäisessä tapauksessa digitaalikamera tai videokamera voidaan liittää kolmanteen okulaariin, joka voidaan itse asiassa suunnitella portiksi tätä tarkoitusta varten. Jos näin ei ole, joihinkin mikroskooppeihin on sovittimia, jotka voivat mukauttaa ihmisen katseltavaksi tarkoitettua kolmisilmäistä okulaaria kameraan. Kuvan heijastamisella on useita etuja, mukaan lukien pitkien tutkimusten salliminen ilman, että sinun täytyy olla taivutettu mikroskoopin päälle, kuvien jakaminen muiden huoneessa olevien kanssa tai jopa kuvan jakaminen videokeskustelun tai muun keinon kautta.