Mikrofaunat ovat pieniä eläimiä ja yksisoluisia organismeja, jotka näkyvät vain mikroskoopilla. Yleensä ne määritellään oletuksiksi, jotka ovat pienempiä kuin 0.1 mm (100 mikronia), ja mesofauna 0.1–2 mm:n kokoisina eliöinä, vaikka määritelmät voivat vaihdella.
Maaperässä mikrofaunaa löytyy suuria määriä – yleensä useita tuhansia grammaa kohti. Kuka tahansa voi ottaa hieman märkää maaperää, laittaa sen mikroskoopin alle ja löytää nämä organismit. Joitakin yleisimpiä ja tärkeimpiä esimerkkejä ovat alkueläimet (yksisoluiset eukaryootit), punkit (kaikista eläimistä monipuolisimpia ja menestyneimpiä), jousihännät (hyönteisten sukulaiset), sukkulamadot (läpinäkyvät matomaiset olennot), rotiferit (nimetty niiden pyörän kaltaisista värekarhut) ja tardigradit, jotka tunnetaan myös nimellä “vesikarhu”, joka on yksi luonnon kestävimmistä organismeista. Mikrofaunaa löytyy maailmanlaajuisesti, kaikkialla, missä on märkää maaperää, ja myös joissain muissa paikoissa. Keväthännät on löydetty Etelämantereen McMurdo Dry Valleys -laaksoista, yhdestä kylmimmistä ja kuivimmista paikoista maan päällä.
Mikrofaunaan liittyy mikrofloora, johon kuuluvat levät, bakteerit, sienet ja hiivat, jotka pystyvät sulattamaan melkein mitä tahansa orgaanista ainetta sekä joitain epäorgaanisia aineita, kuten TNT ja synteettinen kumi.
Myös maaperässä olevia suurempia eläimiä kutsutaan mesofaunaksi, kuten kastematoiksi, niveljalkaisiksi ja suuriksi sukkulamadoiksi, ja makrofaunaksi, johon kuuluvat kaivaavat nisäkkäät, kuten myyrät ja kanit. Mikrofaunaa tunnetaan vähiten maaperän elämästä pienen koonsa ja suuren monimuotoisuutensa vuoksi. Monet ovat niin kutsuttujen kryptotsooiden jäseniä, eläimiä, joita tiede ei kuvaa. Maailman arviolta 10-20 miljoonasta eläinlajista vain 1.8 miljoonalle on annettu tieteellinen nimi, ja monet jäljellä olevista miljoonista kuuluvat todennäköisesti tähän ryhmään, monet heistä tropiikissa.
Mikrofauna elää pienissä huokosissa maaperän jyvien välissä, ja monet ovat vedessä. Jotkut ovat istumattomia, mikä tarkoittaa, että ne kiinnittyvät alustaan koko elämänsä eivätkä koskaan liiku. Nämä eläimet hedelmöittävät toverinsa vapauttamalla värevärisiä siittiöitä, kun taas ne itse pysyvät paikoillaan. Niitä löytyy myös ihmiskehosta, ja tavallisessa ihmisen kodissa on tuhansia punkkeja, jotka saavat elantonsa sulattamalla kuolleita ihosoluja.