Yhdysvalloissa, kuten monissa muissa maissa, on joukko sääntöjä, jotka säätelevät kansallisen lipun näyttämistä ja hävittämistä. Näitä sääntöjä kutsutaan lippuprotokollaksi. Vaikka näiden sääntöjen rikkomisella ei ole oikeudellisia vaikutuksia, niiden toivotaan rohkaisevan lippua kunnioittavasti. Enemmän kuin vain kangaspala, kansallinen lippu edustaa koko kansakuntaa ja on tärkeä kansallisen identiteetin symboli. Seuraava lippuprotokolla koskee Yhdysvaltain lipun näyttämistä Yhdysvalloissa. Muilla kansakunnilla on omat protokollansa, jotka sisältävät kansallisen lipun näyttämisen yhdessä muiden maiden lippujen kanssa.
Yleensä lippuprotokollan säännöt ovat hyvin yksinkertaisia ja helppoja noudattaa. Useimmissa tapauksissa lipun kunnioittavaan käsittelyyn sisältyy järkeä, kuten se, ettei se saa koskea maahan. Ellei lippua lennetä sotivien naapureiden läheisyydessä, pienet rikkomukset eivät todennäköisesti aiheuta suuttumusta, varsinkin kun lippua leikataan usein jaloilla tarkoituksilla.
Yhdysvaltain lippuprotokollan mukaan Yhdysvaltain lippua ei saa koskaan koskea maahan. Jos lippu vahingossa koskettaa maata, se on pestävä varovasti saippualla ja vedellä. Jos lippu näytetään ulkona, jos se on kadun keskellä, se on ripustettava tähtien liiton tai kentän kanssa joko pohjoiseen tai itään katun suuntauksesta riippuen. Kun lippu esitetään rakennuksesta, se on asetettava ensin yhteen.
Amerikan lipun ei pitäisi koskaan roikkua toisen kansakunnan lipun alapuolella. Jos Yhdysvaltain lippua ajetaan muiden kansallisten lippujen kanssa, lippujen on oltava samalla korkeudella ja samankokoisia. Jos Yhdysvaltain lippu näytetään osavaltion tai muiden lippujen kanssa, se on heilutettava korkeammalle ja nostettava ensin ja laskettava viimeisenä. Jos se näkyy sauvojen ylittäessä toisen lipun kanssa, sauva, josta Amerikan lippu on ripustettu, on asetettava toisen sauvan päälle ja Yhdysvaltain lipun on oltava katsojan vasemmalla puolella.
Lippuprotokolla määrää myös, että lippuja ei saa heittää yöllä, ellei niitä ole kunnolla valaistu, ja että kun lippu heitetään puolet henkilökunnasta, se on ensin nostettava kokonaan ja laskettava sitten puoleen henkilökunnasta. Kun lippu heitetään ylösalaisin, se on hädän symboli. Kun lippu näytetään arkun päällä, lippu on peitettävä niin, että liitos sijaitsee vasemmassa yläkulmassa, eikä sen saa koskea maahan tai laskea hautaan.
Amerikan lippua ei saa kirjoittaa tai muulla tavalla pilata, eikä sen saa antaa rypistyä tai likaantua. Tästä syystä monet yritykset valmistavat kaikki sääliput, jotka on suunniteltu kestämään huonoja sääolosuhteita. Jos lippu heitetään ulkona ja se altistuu auringonvalolle ja sateelle, kannattaa ostaa kaikki sääliput. Jos lippu vaurioituu, se on hävitettävä asianmukaisesti. Oikea tapa hävittää Amerikan lippu on kunnioittava polttaminen. Monet julkisen palvelun organisaatiot, kuten amerikkalainen legion, ulkomaisten sotien veteraanit, hirvet ja partiolaiset auttavat mielellään lippujen hävittämisessä.