Utahin osavaltion lipun historia alkaa vuonna 1903, kun kuvernööri tilasi Utahin osavaltion Amerikan vallankumouksen tyttärien luvun (USDR) suunnittelemaan lipun, jonka hän voisi ottaa mukaan St.Louisin maailmannäyttelyyn vuonna 1904. Näin ollen USDR suunnitteli lipun, joka koostui sinisellä pohjalla brodeeratusta Utahin osavaltion sinetistä. Jokainen jäsen maksoi yhden dollarin lipun rakentamisesta, ja yksi ryhmän jäsenistä brodeerasi mallin Utahin silkkiin. Useiden lakivirheiden ja suunnitteluvirheiden vuoksi lainsäätäjä otti Utahin osavaltion lipun käyttöön vasta vuonna 1911. Siitä lähtien on jouduttu tekemään joitakin muita lainsäädäntömuutoksia valmistusprosessin aikana vuosina 1913 ja 1922 tehtyjen ompeleiden seurauksena.
Myöhemmin vuonna 1903 USDR havaitsi, että lipun valtion sinetin piirtämisessä ja kirjonnassa oli tehty virhe. Samaan aikaan kuvernöörin ja USDR: n tietoon saatiin, että jotta lippua voitaisiin pitää Utahin osavaltion lipuna, sen suunnittelu ja rakentaminen vaativat lainsäätäjän hyväksynnän eikä vain kuvernöörin hyväksyntää. Tästä syystä Utahin osavaltion lippua pidettiin vain kuvernöörin rykmenttilippuna. Utah hyväksyttiin juuri unioniin vuonna 1896, mikä auttoi aiheuttamaan hämmennystä prosessista. Paikallinen taiteilija korjasi valtion sinetin piirustuksen virheen, ja lainsäätäjä tunnusti lipun lopulta Utahin osavaltion lipuksi.
Vuonna 1912 eri järjestö, Utahin pioneereiden pojat ja tyttäret, pyysi itäistä yritystä tekemään mukautetun kopion uudesta lipusta, jota jäsenet voivat esitellä taistelulaivalle USS Utah. Lippu saapui virhein: yritys oli lisännyt väriä osaan sinettiä ja asettanut kultaisen ympyrän sen ympärille, joten lippu ei enää ollut lainsäätäjän hyväksymä lippu. Lippun palauttamisen sijaan järjestö vakuutti lainsäätäjän antamaan lakiesityksen, joka sallii lippumallin muutokset tulla osaksi valtion virallista lippua. Tämä vahingossa uusittu lippu hyväksyttiin lainsäätäjän valtion lipuksi vuonna 1913.
Sitten vuonna 1922 toinen valmistaja teki virheen, joka asetti päivämäärän väärään paikkaan lipussa. Jokainen lippu vuodesta 1922 lähtien on tehty tällä virheellä. Vuonna 2011 annettiin lainsäädäntö, joka velvoitti lipunvalmistajat korjaamaan tämän virheen jokaisessa Utahin osavaltion lipussa.