Etelä -Dakota voi olla harvinaisuus Amerikan osavaltioiden keskuudessa, koska sillä on ilmeisesti kolme erilaista virallista valtion lippua samanaikaisesti. Etelä -Dakotan osavaltion lipun ensimmäinen muotoilu osoittautui lopulta liian kalliiksi ylläpitää. Se korvattiin samanlaisella, mutta halvemmalla suunnittelulla vuonna 1963. Vuonna 1992 annettu laki muutti Etelä -Dakotan lempinimen “The Sunshine State” “Mount Rushmore Stateksi”. Sekä vuosien 1963 että 1992 muutoksia koskeva lainsäädäntö sisälsi säännöksen, jonka mukaan kaikkien Etelä -Dakotan lakien mukaisesti tehtyjen lippujen on pysyttävä virallisina valtion lipuina.
Jokainen Etelä -Dakotan osavaltion lipun versio sisälsi Etelä -Dakotan osavaltion sinetin sen suunnitteluun. Valtion sinetti suunniteltiin ennen Etelä -Dakotan liittymistä unioniin Yhdysvaltojen 40. osavaltioksi vuonna 1889. Etelä -Dakotan osavaltion lipun alkuperäinen malli hyväksyttiin vuonna 1909. Mallin loi Ida Anding McNeil, Etelä -Dakotan lainsäädäntökirjastonhoitaja . Lippu oli kaksipuolinen, toisella puolella paahtava aurinko ja toisella Etelä-Dakotan suuri sinetti.
Vuoden 1909 lipussa kultainen aurinko keskittyy siniselle taustalle. Auringon yläpuolelle, sen ympyrän kaareen, on kirjoitettu kultaisilla kirjaimilla “Etelä -Dakota”. Auringon alla, samoin ympyrän kaaressa, ”Auringonpaistetila” on kirjoitettu kultaisilla kirjaimilla. Auringon toisella puolella valtion sinetti on painettu tummansiniselle kentälle.
Osavaltion sinetti koostuu ympyrästä, jossa näytetään erilaisia Etelä -Dakotan symboleja. Hylkeen ympyrän jakaminen on joki, jolla höyrylaiva kulkee. Joen oikealla puolella viljelijä auraa istutusriviä, ja maanviljelijän ulkopuolella karja laiduntaa pellolla. Joen toisella puolella on sulatustyö, ja lumihuippuiset vuoret näkyvät kaukaisuudessa. Ympyrän yläosassa bannerissa on valtion tunnuslause: ”Jumalan alaisuudessa ihmiset hallitsevat”.
Vuoden 1909 lippu pysyi Etelä -Dakotan lipun osavaltion vuoteen 1963. Vaikka se oli edelleen suosittu malli, lainsäätäjät päättivät tuolloin, että lippu, jossa oli tunnus molemmilla puolilla, oli liian kallis tehdä. He viittasivat siihen tosiseikkaan, että valtiolippuja oli vain vähän ja niitä nähtiin harvoin lentävän. Vuoden 1963 lainsäädäntö asetti valtion sinetin hammastetun auringon keskelle yhdistäen siten molemmat symbolit lipun toisella puolella. Uusi laki jätti ennalleen vuoden 1909 lipun aseman virallisena valtion lipuna.
Vuonna 1992 lainsäätäjä muutti Etelä -Dakotan osavaltion lipun uudelleen. Se korvasi osavaltion sinetin alla olevan ilmauksen ”The Sunshine State” sanalla ”The Mount Rushmore State”. Tässä lainsäädännössä vuoden 1963 lippu on edelleen virallinen lippu. Tällä hetkellä Etelä -Dakotan ainoa virallinen osavaltion lempinimi on kuitenkin ”Mount Rushmore State”.