Toksiini tarkoittaa biologisen organismin kuten eläimen, kasvin tai mikro-organismin tuottamaa myrkyllistä ainetta, joka syntyy eliön aineenvaihdunnassa (sekundaarimetabolia). Esimerkiksi homesienten tuottamia myrkkyaineita kutsutaan mykotoksiineiksi. Toksiineja ja niiden vaikutuksia elimistöön tutkii toksikologia.