Presidentti Lyndon B. Johnson perusti Yhdysvaltain komission raportoimaan presidentti John F. Kennedyn murhasta 29. marraskuuta 1963, viikkoa Kennedyn kuoleman jälkeen Dallasissa, Texasissa. Komissio tuli epävirallisesti tunnetuksi Warren -komissiona sen puheenjohtajan, Yhdysvaltain päätuomarin Earl Warrenin vuoksi. Vuonna 1964 komissio kuuli presidentti Kennedyn murhasta.
Seitsemästä jäsenkomiteasta kaksi oli Yhdysvaltain senaattoreita, John Sherman Cooper ja Richard B.Russell. Hale Boggs ja Gerald R.Ford, Yhdysvaltain edustajat, palvelivat myös Warren -komissiossa. Kaksi viimeistä jäsentä olivat John J. McCloy, Maailmanpankin entinen presidentti, ja Allen W. Dulles, entinen tiedustelupalvelun johtaja.
Johnson ohjasi Warrenin komissiota arvioimaan ja arvioimaan Kennedyn oletetun salamurhaajan murhaan ja murhaan liittyviä kysymyksiä. Tutkinta alkoi todistajien ja todistajien kutsuilla. Komissiolle annettiin valtuudet myöntää todistajien koskemattomuus, vaikka koskemattomuutta ei myönnetty tutkinnan aikana.
Warrenin komissio nimitti James Lee Rankinin yleiseksi neuvonantajaksi; häntä tuki neljätoista apulaisneuvonantajaa ja kaksitoista ylimääräistä toimihenkilöä. Muu henkilöstö, mukaan lukien historioitsija, asianajajat ja hallintohenkilöstö, avusti tutkimuksessa.
Tutkinnan aikana Warrenin komissio kuuli 552 todistajaa. Kymmenen liittovaltion virastoa, mukaan lukien liittovaltion tutkintavirasto, Yhdysvaltain ulkoministeriö, salainen palvelu, sotilastiedustelu ja tiedustelupalvelu, raportoivat komissiolle. Myös Texasin oikeusministeri esitti raportin.
Suurin osa kuulemistilaisuuksista oli suljettu yleisöltä. Tutkimuksensa aikana komissio matkusti useita kertoja Dallasiin salamurhapaikalle ja muille siihen liittyville alueille. Komission tavoitteena oli rekonstruoida salamurhan ympärillä tapahtunut tapahtumasarja.
Komissio esitti johtopäätöksensä puhemiehelle 24. syyskuuta 1964. Myös komission kuulemistilaisuuksista julkaistiin laaja 26-osainen transkriptio. Raportti on nyt osa kansallisarkistoa. Muut Warren Commissionin julkaisemat tiedostot sisältävät yli 50,000 sivua asiakirjoja, muistioita ja muita niihin liittyviä tiedostoja. JFK: n perhe lahjoitti muita asiaan liittyviä asiakirjoja, mukaan lukien ruumiinavausröntgenkuvat ja valokuvat, kansallisarkistoon vuonna 1966.
Komissio päätti, että Lee Harvey Oswald toimi yksin ja ilman rikoskumppaneita, kun hän tappoi presidentti Kennedyn 22. marraskuuta 1963. Raportin mukaan Oswald haavoitti myös Texasin kuvernööriä John Connallya ja hänet pidettiin Dallasin poliisin JD Tippitin murhaajana. Komissio ei löytänyt todisteita salaliitosta Dallasin yökerhon omistajan ja liikemiehen Jack Rubyn murhatessa Oswaldia kaksi päivää presidentin murhan jälkeen. Lisäksi komissio ei havainnut yhteyttä Oswaldin ja Rubyn välillä.