Espanjan inkvisitio oli Espanjan monarkian johtama kirkollinen tuomioistuin, joka perustettiin juurruttamaan harhaoppiset ja muut henkilöt, jotka uhkasivat roomalaiskatolisen kirkon asemaa Espanjassa. Vuonna 1478 perustettu Espanjan inkvisitio lakkautettiin virallisesti vasta vuonna 1834, ja se on yksi pahamaineisimmista Euroopassa järjestetyistä inkvisitioista. On arvioitu, että ainakin 2,000 ihmistä kuoli Espanjan inkvisitiossa, ja lukemattomia muita kidutettiin, joutui kauhistuttaviin fyysisiin rangaistuksiin ja pakotettiin luovuttamaan kaikki omaisuutensa.
Tätä ajanjaksoa Espanjan historiassa edelsi kausi, jolloin Espanja oli uskomattoman monipuolinen. Kerran kristityt, muslimit ja juutalaiset asuivat suhteellisen rauhallisesti yhdessä Espanjassa vaihtamalla ideoita ja tietoa ja luoden rikas ja elinvoimainen kulttuuri. Kun Espanjan monarkia aloitti maurien miehittämien alueiden valloituksen Espanjassa, se näki tämän kuitenkin uhkana, ja monarkia pyrki palauttamaan katolilaisuuden hallitsevaksi uskonnoksi Espanjassa.
Aragonian hallitsijat Ferdinand II ja Kastilialainen Isabella I perustivat Espanjan inkvisition ja perustivat inkvisition, jota hallitsi hallitus eikä kirkko, melko ovela poliittinen liike. Espanjan inkvisition tarkat motiivit ovat hieman epäselviä. Ilmeisen halun lisäksi vahvistaa katolilaisuutta Espanjassa hallitsijoilla olisi voinut olla kyynisempiä motiiveja, kuten halu saada käsiinsä inkvisition mukaan tuomittujen ihmisten omaisuus ja pakottava tarve vähentää ns. Conversot, juutalaisia ja muslimeja uskovat ihmiset, jotka kääntyivät kristinuskoon, usein paineen tai poliittisten syiden vuoksi.
Olipa Espanjan inkvisition perustelu mikä tahansa, se järjestettiin paljon kuin muodollinen paavin inkvisitio. Inkvisiittorit astuivat kaupunkiin ja antoivat virallisen ilmoituksen uskonnollisten palvelusten jälkeen ja kehottivat ihmisiä tunnustamaan tai tuomitsemaan muita. Kun ryhmä tunnustettuja tai tuomittuja rikollisia on tunnistettu, heidät tuodaan oikeuden eteen tuomioistuimessa. Yksi Espanjan inkvisition suurimmista puutteista oikeudelliselta kannalta on, että syytetyille ei annettu syyttäjien henkilöllisyyttä, ja heidät pidettiin usein myös tietämättöminä syytteistä, mikä teki mahdottomaksi puolustaa itseään. Heidän oli myös todistettava, ja todistuksen epäämistä pidettiin syyllisyyden tunnustamisena.
Conversot, joita epäiltiin usein olevan todellisia kristittyjä, olivat Espanjan inkvisition erityisiä kohteita, koska inkvisitio saattoi vain muodollisesti koetella kristittyjä. Inkvisitio myös tuomitsi ihmisiä epäiltynä harhaopista ja monista muista rikoksista, joista monet liittyivät vain abstraktisti katoliseen uskoon. Kidutus oli laajalle levinnyt inkvisitointituomioistuinten keskuudessa, samoin kuin painostus kannustaa kansalaisia tuomitsemaan toiset lupaamalla koskemattomuus tutkinnasta. Jos heidät tuomitaan syylliseksi, joillekin ihmisille tarjottiin mahdollisuus päästä sovintoon kirkon kanssa, yleensä sen jälkeen, kun he olivat kärsineet rasittavan fyysisen rangaistuksen ja omaisuutensa menettämisen. Muut tuomitut rikolliset teloitettiin.