Rakenteellinen alijäämä on julkisen talouden alijäämä, joka on riippumaton suhdannevaihtelusta – se säilyy silloinkin, kun talous on täydessä potentiaalissa. Tämä syntyy, kun hallitus käyttää enemmän kuin pitkän aikavälin verotulojen keskiarvo voi tuoda. Talousarvion osa, joka riippuu suhdannevaihteluista, kutsutaan suhdannevajeeksi. Taloustieteilijät väittävät yleensä, että rakenteellinen alijäämä on paljon vakavampi kuin suhdannetilanne, koska se merkitsee kestämättömiä menoja.
Alijäämä syntyy, kun valtion verotulot eivät kata kokonaan sen menoja. Taantuman aikana alijäämän suhdanneosa kasvaa yleensä useista syistä. Ensinnäkin taantuma tarkoittaa, että maan nettotulot ovat laskeneet alle potentiaalin, joten verotettavan tulon määrä on keskimääräistä pienempi. Toiseksi hallitukset pyrkivät alentamaan verokantoja taantumien aikana talouden elvyttämiseksi. Kolmanneksi sosiaalimenettelyihin, kuten hyvinvointiin, Medicaidiin ja elintarvikeleimoihin liittyvillä menoilla on taipumus kasvaa myös taantuman aikana.
Keynesin taloustiede, vaikutusvaltainen talousteoria, kannattaa suhdannetilanteen ottamista, jos se voi nopeuttaa taantumasta toipumista. Suuren rakenteellisen alijäämän ottamista ei kuitenkaan yleensä pidetä toivottavana strategiana, koska se säilyy myös silloin, kun talous on täydessä työllisyydessä. Täystyöllisyyttä ei koskaan saavuteta todellisessa maassa, mutta taloudellisen mallin avulla voi olla hyödyllistä osoittaa väestön tulontuottokyvyn yläraja.
Investoinnit ovat yksi peruste rakenteellisen alijäämän ottamiselle. Maat sijoittavat tulevaisuuteensa samalla tavalla kuin ihmiset. Jos sijoituksen takaisinmaksun katsotaan kannattavan vaaditun määrän velkaa, valtiot lainaavat rahaa ja ottavat rakenteellisen alijäämän. Yleinen esimerkki tästä on investoinnit infrastruktuuriin, kuten teihin ja rautateihin. Vaikka nämä hankkeet ovat kalliita, ne luovat työpaikkoja ja niitä voidaan käyttää monta vuotta.
Esimerkiksi Yhdysvaltojen (USA) rakenteellinen alijäämä on kasvanut merkittävästi viime vuosikymmeninä, ja se on kiistanalainen kysymys Yhdysvaltain politiikassa. Poliitikot harvoin ovat yhtä mieltä siitä, kannattaako tietty aloite ottaa pitkäaikaista velkaa. Toisaalta tietyt investoinnit voivat lisätä turvallisuutta ja vaurautta tulevina vuosina. Toisaalta tulevat veronmaksajat joutuvat velkaan ja korkomaksuihin, jotka johtuvat rakenteellisesta alijäämästä. Vaikka tällainen alijäämä voi olla järkevää joissakin tilanteissa, kuten lähestyvässä kansallisessa turvallisuuskriisissä, taloustieteilijät varoittavat sitä yleisesti.