Tapahtumat, jotka huipentuvat Yhdysvaltain 16. presidentin Abraham Lincolnin murhaan, tunnetaan Lincolnin salaliitona. Tämä salaliitto koskee sen yllyttäjän, Shakespearen näyttelijän ja eteläisen sympatian John Wilkes Boothin murhaavia machinaatioita. Hänen seuraajiensa joukko suostui hänen suunnitelmaansa vapauttaa unioni kaikista sen johtajista yhdellä iskulla. 14. huhtikuuta 1865, klo 10, Ulysses S.Grant, Abraham Lincoln, varapresidentti Andrew Johnson ja ulkoministeri William Seward kuolivat kaikki Boothin ja hänen rikoskumppaneidensa käsiin, mutta kuten paras hiirien ja miesten suunnitelma, kaikki meni harhaan.
Lincolnin salaliitto alkoi juonella presidentin sieppaamista pian hänen toisen virkaanastujansa jälkeen. Alun perin Booth aikoi siepata Lincolnin, pitää hänet vankina Richmondin eteläisessä pääkaupungissa ja vaihtaa hänet eri unionin vankiloissa vankina pidettyihin konfederaatiosotilaisiin. Suunnitelma epäonnistui ja pian salaliitto muuttui sieppaussuunnitelmasta murhaksi. Rehellinen ja vihainen mies, Booth vihasi presidentin ”pohjoista abolitionismia”, ja piti sotatilalain julistamista kotivaltiossaan Marylandissa selväksi toimeenpanovallan väärinkäytökseksi.
Osana suunnitelmaa kenraali Ulysses S.Grantin piti osallistua ”Amerikkalainen serkkumme” esitykseen Fordin teatterissa huhtikuun iltana, mutta hänen vaimonsa Julian ja Mary Todd Lincolnin välinen piikki esti heidän osallistumisensa. Ulkoministeri William Sewardin henki pelastettiin, koska hänen oli pakko käyttää kuljetusonnettomuuden vuoksi kaulanauhaa; se ohjasi Boothin rikoskumppanin pitämän veitsen iskut. Toinen salaliiton rikoskumppani, joka määrättiin tappamaan varapresidentti Johnson Kirkwood Housen asunnossaan, ei yrittänytkään tehdä niin.
Booth pakeni teatterista, mutta sotilaat seurasivat häntä ja kuoli ampumahaavaan 26. huhtikuuta. Neljä muuta Lincolnin salaliiton jäsentä, mukaan lukien ensimmäinen Yhdysvalloissa hirtetty nainen, Mary Surratt, ripustettiin 7. heinäkuuta, viikko sen jälkeen, kun sotilaskomissio oli tuominnut hänet. Neljä muuta tuomittiin vankeuteen, kolme elinkautiseen.
Yksi kiistanalaisimmista vakaumuksista oli tohtori Samuel Mudd, joka aluksi kiisti tietävänsä, kuka Booth oli, kun hän asetti nilkansa, joka rikkoutui hyppääessään presidentin parvekkeelta lavalle salamurhan yönä. Mudd myönsi myöhemmin, että oli tavannut Boothin kerran aikaisemmin. Tohtori Mudd tuomittiin elinkautiseen vankeuteen Devil’s Islandilla osallisuudesta murhaan. Hän palveli monta vuotta ennen armahdustaan, ja ilmaisu ”hänen nimensä oli muta” tulee tämän miehen ahdingosta.